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jp

Genes: A B A+B
Length: 241 216 415
Sequences: 280 1404 215
Seq/Len: 1.16 6.5 0.52
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.77
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.00
2 0.01 0.00 0.00
5 0.01 0.00 0.07
10 0.01 0.00 0.29
20 0.01 0.01 0.47
100 0.02 0.01 0.50
0.05 0.08 0.52
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
59_V 63_V 1.77 0.76 0.02
98_S 178_M 1.66 0.69 0.01
175_S 106_H 1.65 0.68 0.01
33_A 57_L 1.60 0.65 0.01
132_S 158_Y 1.56 0.62 0.01
17_G 173_L 1.46 0.54 0.01
17_G 50_M 1.45 0.54 0.01
98_S 41_L 1.45 0.53 0.01
116_Q 22_A 1.43 0.52 0.01
131_V 67_I 1.42 0.52 0.01
131_V 167_V 1.41 0.50 0.01
104_A 160_P 1.39 0.49 0.01
49_K 64_M 1.33 0.44 0.01
59_V 163_V 1.32 0.43 0.01
158_E 163_V 1.30 0.42 0.01
131_V 37_V 1.29 0.41 0.01
182_I 11_L 1.26 0.39 0.01
183_S 185_I 1.24 0.38 0.01
119_V 39_N 1.23 0.37 0.00
98_S 179_M 1.21 0.35 0.00
49_K 102_Y 1.20 0.35 0.00
25_I 103_L 1.20 0.35 0.00
85_D 171_I 1.20 0.35 0.00
166_I 175_L 1.20 0.34 0.00
148_S 72_Y 1.15 0.31 0.00
113_R 17_L 1.15 0.31 0.00
166_I 11_L 1.15 0.31 0.00
18_C 103_L 1.15 0.31 0.00
167_K 103_L 1.12 0.30 0.00
113_R 62_F 1.12 0.29 0.00
13_L 129_E 1.11 0.28 0.00
182_I 134_S 1.10 0.28 0.00
118_L 7_L 1.10 0.28 0.00
166_I 168_I 1.09 0.28 0.00
59_V 135_L 1.09 0.27 0.00
133_Y 180_M 1.08 0.27 0.00
150_I 180_M 1.07 0.26 0.00
165_N 41_L 1.07 0.26 0.00
65_T 113_R 1.06 0.26 0.00
57_I 53_N 1.06 0.26 0.00
31_R 152_K 1.06 0.26 0.00
95_L 114_F 1.06 0.25 0.00
131_V 185_I 1.06 0.25 0.00
173_T 157_L 1.05 0.25 0.00
97_S 106_H 1.05 0.25 0.00
185_I 169_S 1.05 0.25 0.00
172_N 114_F 1.05 0.25 0.00
188_P 171_I 1.05 0.25 0.00
167_K 19_F 1.04 0.25 0.00
23_E 117_R 1.04 0.25 0.00
45_I 8_I 1.04 0.24 0.00
11_L 141_A 1.04 0.24 0.00
37_I 145_S 1.04 0.24 0.00
187_T 43_L 1.04 0.24 0.00
98_S 160_P 1.03 0.24 0.00
152_I 196_A 1.02 0.23 0.00
54_K 144_L 1.02 0.23 0.00
118_L 191_L 1.02 0.23 0.00
153_Y 152_K 1.02 0.23 0.00
152_I 26_C 1.02 0.23 0.00
36_I 67_I 1.02 0.23 0.00
84_V 157_L 1.02 0.23 0.00
11_L 164_V 1.01 0.23 0.00
117_S 206_A 1.00 0.22 0.00
49_K 173_L 1.00 0.22 0.00
70_V 139_L 1.00 0.22 0.00
110_I 34_F 1.00 0.22 0.00
91_P 99_Y 0.99 0.22 0.00
94_S 102_Y 0.99 0.22 0.00
114_L 209_E 0.99 0.22 0.00
32_Q 146_E 0.99 0.22 0.00
135_L 27_Y 0.99 0.22 0.00
35_E 95_G 0.99 0.22 0.00
121_I 193_L 0.99 0.22 0.00
98_S 169_S 0.99 0.22 0.00
105_R 53_N 0.99 0.21 0.00
86_I 31_S 0.99 0.21 0.00
131_V 146_E 0.99 0.21 0.00
134_D 34_F 0.99 0.21 0.00
67_A 168_I 0.98 0.21 0.00
24_L 145_S 0.98 0.21 0.00
32_Q 178_M 0.98 0.21 0.00
168_R 171_I 0.98 0.21 0.00
226_L 125_L 0.98 0.21 0.00
115_E 11_L 0.98 0.21 0.00
78_L 163_V 0.98 0.21 0.00
135_L 186_S 0.98 0.21 0.00
23_E 209_E 0.98 0.21 0.00
92_T 102_Y 0.98 0.21 0.00
153_Y 185_I 0.97 0.21 0.00
175_S 28_I 0.97 0.20 0.00
172_N 160_P 0.97 0.20 0.00
177_V 48_S 0.96 0.20 0.00
53_G 53_N 0.96 0.20 0.00
112_Q 39_N 0.96 0.20 0.00
96_V 22_A 0.96 0.20 0.00
157_K 163_V 0.96 0.20 0.00
105_R 206_A 0.96 0.20 0.00
176_D 48_S 0.95 0.20 0.00
169_F 175_L 0.95 0.20 0.00
130_H 146_E 0.95 0.20 0.00
93_D 27_Y 0.95 0.20 0.00
99_P 203_L 0.95 0.20 0.00
175_S 205_K 0.95 0.20 0.00
155_S 48_S 0.95 0.20 0.00
182_I 115_F 0.94 0.19 0.00
151_A 143_A 0.94 0.19 0.00
96_V 58_I 0.94 0.19 0.00
44_N 119_E 0.94 0.19 0.00
11_L 129_E 0.94 0.19 0.00
96_V 115_F 0.94 0.19 0.00
59_V 175_L 0.94 0.19 0.00
175_S 189_I 0.94 0.19 0.00
185_I 160_P 0.94 0.19 0.00
135_L 179_M 0.94 0.19 0.00
108_S 175_L 0.94 0.19 0.00
105_R 19_F 0.94 0.19 0.00
158_E 197_L 0.93 0.19 0.00
130_H 155_F 0.93 0.19 0.00
135_L 177_M 0.93 0.19 0.00
117_S 158_Y 0.93 0.19 0.00
164_S 180_M 0.93 0.18 0.00
36_I 103_L 0.93 0.18 0.00
26_S 159_L 0.93 0.18 0.00
72_L 72_Y 0.92 0.18 0.00
118_L 50_M 0.92 0.18 0.00
183_S 88_I 0.92 0.18 0.00
95_L 158_Y 0.92 0.18 0.00
105_R 193_L 0.92 0.18 0.00
96_V 117_R 0.92 0.18 0.00
88_Q 168_I 0.92 0.18 0.00
85_D 157_L 0.92 0.18 0.00
151_A 168_I 0.91 0.18 0.00
54_K 111_L 0.91 0.18 0.00
173_T 55_I 0.91 0.18 0.00
207_F 127_S 0.91 0.18 0.00
104_A 159_L 0.91 0.18 0.00
91_P 134_S 0.91 0.17 0.00
99_P 114_F 0.91 0.17 0.00
89_M 175_L 0.91 0.17 0.00
28_L 175_L 0.90 0.17 0.00
121_I 155_F 0.90 0.17 0.00
130_H 211_Y 0.90 0.17 0.00
57_I 180_M 0.90 0.17 0.00
45_I 143_A 0.90 0.17 0.00
48_R 55_I 0.90 0.17 0.00
109_A 169_S 0.90 0.17 0.00
99_P 52_L 0.90 0.17 0.00
86_I 48_S 0.90 0.17 0.00
70_V 57_L 0.90 0.17 0.00
175_S 111_L 0.90 0.17 0.00
149_V 134_S 0.89 0.17 0.00
139_N 41_L 0.89 0.17 0.00
105_R 155_F 0.89 0.17 0.00
89_M 149_D 0.89 0.17 0.00
144_P 128_A 0.89 0.17 0.00
63_K 109_L 0.89 0.17 0.00
136_E 27_Y 0.89 0.17 0.00
105_R 146_E 0.89 0.17 0.00
86_I 22_A 0.88 0.17 0.00
173_T 58_I 0.88 0.17 0.00
186_L 58_I 0.88 0.16 0.00
154_D 28_I 0.88 0.16 0.00
93_D 67_I 0.88 0.16 0.00
192_Y 20_L 0.88 0.16 0.00
143_K 41_L 0.88 0.16 0.00
163_V 158_Y 0.88 0.16 0.00
78_L 195_V 0.87 0.16 0.00
98_S 177_M 0.87 0.16 0.00
8_I 101_Q 0.87 0.16 0.00
56_G 143_A 0.87 0.16 0.00
118_L 143_A 0.87 0.16 0.00
183_S 210_Q 0.87 0.16 0.00
38_S 163_V 0.87 0.16 0.00
126_S 168_I 0.87 0.16 0.00
9_L 11_L 0.87 0.16 0.00
86_I 99_Y 0.87 0.16 0.00
99_P 50_M 0.87 0.16 0.00
184_V 39_N 0.87 0.16 0.00
202_E 127_S 0.86 0.16 0.00
12_L 132_D 0.86 0.16 0.00
76_Y 30_F 0.86 0.16 0.00
86_I 36_M 0.86 0.15 0.00
107_Y 144_L 0.86 0.15 0.00
105_R 64_M 0.86 0.15 0.00
111_E 17_L 0.85 0.15 0.00
63_K 57_L 0.85 0.15 0.00
180_E 108_D 0.85 0.15 0.00
189_K 52_L 0.85 0.15 0.00
49_K 141_A 0.85 0.15 0.00
123_G 98_E 0.85 0.15 0.00
176_D 49_N 0.85 0.15 0.00
76_Y 189_I 0.85 0.15 0.00
122_G 98_E 0.85 0.15 0.00
36_I 175_L 0.85 0.15 0.00
57_I 160_P 0.85 0.15 0.00
173_T 19_F 0.85 0.15 0.00
66_F 159_L 0.85 0.15 0.00
121_I 171_I 0.85 0.15 0.00
158_E 52_L 0.85 0.15 0.00
207_F 121_E 0.85 0.15 0.00
125_I 5_M 0.85 0.15 0.00
30_Q 36_M 0.85 0.15 0.00
152_I 15_T 0.85 0.15 0.00
49_K 11_L 0.84 0.15 0.00
25_I 189_I 0.84 0.15 0.00
121_I 10_T 0.84 0.15 0.00
77_D 203_L 0.84 0.15 0.00
97_S 211_Y 0.84 0.15 0.00
41_E 180_M 0.84 0.15 0.00
76_Y 203_L 0.83 0.14 0.00
8_I 90_R 0.83 0.14 0.00
8_I 72_Y 0.83 0.14 0.00
82_E 198_D 0.83 0.14 0.00
71_D 139_L 0.83 0.14 0.00
94_S 99_Y 0.83 0.14 0.00
9_L 87_D 0.83 0.14 0.00
165_N 43_L 0.83 0.14 0.00
15_L 85_I 0.83 0.14 0.00
100_R 179_M 0.83 0.14 0.00
54_K 108_D 0.83 0.14 0.00
47_A 100_K 0.83 0.14 0.00
36_I 32_I 0.82 0.14 0.00
46_T 211_Y 0.82 0.14 0.00
32_Q 179_M 0.82 0.14 0.00
94_S 155_F 0.82 0.14 0.00
171_K 15_T 0.82 0.14 0.00
190_E 15_T 0.82 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
7087 7.04 mxij_spa24 Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.46 Done
6868 0.52 jp Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.02 Done - Shared
6862 mxij_spa24_jackhammer Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) Running
6829 0.63 mxij_spa24 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.02 Done

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