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DNAN_DPO3B_BACSU-DINB2_DPO42_BACSU

Genes: A B A+B
Length: 378 412 767
Sequences: 7006 15925 77
Seq/Len: 18.53 38.65 0.1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.18
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.01
5 0.00 0.00 0.01
10 0.00 0.01 0.03
20 0.00 0.01 0.10
100 0.00 0.02 0.55
0.01 0.07 3.67
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
337_D 276_L 1.49 0.20 0.00
264_I 325_V 1.46 0.19 0.00
115_L 80_M 1.36 0.16 0.00
154_S 180_M 1.35 0.16 0.00
292_L 33_I 1.29 0.14 0.00
82_F 68_E 1.28 0.14 0.00
10_L 204_I 1.26 0.14 0.00
68_T 347_V 1.26 0.14 0.00
162_L 222_W 1.21 0.12 0.00
221_L 294_V 1.20 0.12 0.00
280_L 69_K 1.19 0.12 0.00
139_T 383_F 1.19 0.12 0.00
267_N 204_I 1.18 0.12 0.00
277_R 152_L 1.16 0.12 0.00
53_I 90_I 1.16 0.12 0.00
224_I 298_C 1.16 0.11 0.00
44_F 74_V 1.16 0.11 0.00
294_A 252_I 1.15 0.11 0.00
106_I 204_I 1.13 0.11 0.00
58_P 132_G 1.12 0.11 0.00
334_Y 216_D 1.12 0.11 0.00
219_Q 16_Y 1.12 0.11 0.00
167_W 196_K 1.09 0.10 0.00
271_F 273_L 1.09 0.10 0.00
146_I 372_L 1.09 0.10 0.00
46_G 63_L 1.09 0.10 0.00
347_I 93_I 1.08 0.10 0.00
249_Y 354_S 1.07 0.10 0.00
128_Q 258_L 1.07 0.10 0.00
137_I 350_S 1.07 0.10 0.00
344_G 57_V 1.06 0.10 0.00
360_I 204_I 1.06 0.10 0.00
152_A 79_R 1.05 0.09 0.00
86_V 296_V 1.05 0.09 0.00
360_I 359_Q 1.05 0.09 0.00
42_V 92_A 1.05 0.09 0.00
121_D 388_I 1.05 0.09 0.00
304_S 34_V 1.04 0.09 0.00
180_D 218_L 1.04 0.09 0.00
198_S 134_I 1.03 0.09 0.00
355_M 16_Y 1.03 0.09 0.00
39_D 278_E 1.01 0.09 0.00
290_V 121_G 1.01 0.09 0.00
152_A 347_V 1.01 0.09 0.00
74_S 106_I 1.01 0.09 0.00
122_E 240_P 1.01 0.09 0.00
106_I 180_M 1.00 0.09 0.00
179_T 16_Y 1.00 0.09 0.00
115_L 32_V 1.00 0.09 0.00
36_V 210_L 0.99 0.08 0.00
3_F 191_V 0.99 0.08 0.00
217_D 185_V 0.99 0.08 0.00
347_I 335_T 0.98 0.08 0.00
117_G 68_E 0.98 0.08 0.00
275_I 18_S 0.98 0.08 0.00
375_V 257_T 0.97 0.08 0.00
25_T 240_P 0.97 0.08 0.00
237_N 171_L 0.96 0.08 0.00
24_R 214_P 0.96 0.08 0.00
304_S 298_C 0.96 0.08 0.00
146_I 342_V 0.96 0.08 0.00
337_D 100_L 0.96 0.08 0.00
335_M 273_L 0.96 0.08 0.00
275_I 329_V 0.95 0.08 0.00
241_F 22_A 0.95 0.08 0.00
275_I 136_R 0.95 0.08 0.00
169_V 359_Q 0.95 0.08 0.00
142_L 342_V 0.94 0.08 0.00
185_A 185_V 0.94 0.08 0.00
228_E 57_V 0.94 0.08 0.00
137_I 388_I 0.94 0.08 0.00
180_D 235_G 0.94 0.08 0.00
191_L 376_M 0.94 0.08 0.00
211_L 205_S 0.94 0.08 0.00
189_A 93_I 0.94 0.08 0.00
222_V 140_V 0.94 0.08 0.00
53_I 325_V 0.93 0.08 0.00
317_V 19_V 0.93 0.07 0.00
87_K 15_F 0.92 0.07 0.00
302_I 296_V 0.92 0.07 0.00
337_D 103_P 0.92 0.07 0.00
339_L 93_I 0.92 0.07 0.00
149_T 111_M 0.92 0.07 0.00
96_I 315_L 0.92 0.07 0.00
350_S 234_N 0.92 0.07 0.00
37_A 74_V 0.91 0.07 0.00
250_P 56_G 0.91 0.07 0.00
10_L 99_D 0.91 0.07 0.00
215_L 191_V 0.91 0.07 0.00
79_A 27_L 0.91 0.07 0.00
89_L 379_I 0.91 0.07 0.00
48_D 139_G 0.91 0.07 0.00
40_D 314_K 0.91 0.07 0.00
228_E 278_E 0.90 0.07 0.00
123_Y 261_D 0.90 0.07 0.00
235_A 209_G 0.90 0.07 0.00
266_V 265_F 0.90 0.07 0.00
146_I 236_I 0.90 0.07 0.00
310_G 119_L 0.89 0.07 0.00
46_G 241_V 0.89 0.07 0.00
271_F 30_R 0.89 0.07 0.00
236_K 379_I 0.89 0.07 0.00
277_R 56_G 0.89 0.07 0.00
180_D 362_L 0.89 0.07 0.00
207_S 347_V 0.89 0.07 0.00
70_E 253_G 0.89 0.07 0.00
155_T 312_Q 0.89 0.07 0.00
334_Y 41_R 0.89 0.07 0.00
343_E 166_N 0.89 0.07 0.00
158_T 253_G 0.89 0.07 0.00
249_Y 116_S 0.88 0.07 0.00
359_L 325_V 0.88 0.07 0.00
359_L 188_M 0.88 0.07 0.00
110_K 210_L 0.88 0.07 0.00
84_E 342_V 0.88 0.07 0.00
108_S 170_T 0.88 0.07 0.00
337_D 211_A 0.88 0.07 0.00
137_I 219_K 0.88 0.07 0.00
328_I 262_Y 0.88 0.07 0.00
40_D 142_A 0.87 0.07 0.00
182_H 203_G 0.87 0.07 0.00
58_P 32_V 0.87 0.07 0.00
269_K 130_I 0.87 0.07 0.00
137_I 245_S 0.87 0.07 0.00
349_V 331_R 0.87 0.07 0.00
213_K 291_G 0.87 0.07 0.00
216_D 318_P 0.87 0.07 0.00
153_V 348_N 0.87 0.07 0.00
3_F 144_V 0.87 0.07 0.00
334_Y 153_A 0.87 0.07 0.00
74_S 131_Q 0.87 0.07 0.00
315_A 138_I 0.86 0.07 0.00
146_I 94_L 0.86 0.07 0.00
264_I 193_S 0.86 0.07 0.00
264_I 122_T 0.86 0.07 0.00
276_D 191_V 0.86 0.07 0.00
211_L 347_V 0.86 0.07 0.00
347_I 49_C 0.86 0.07 0.00
242_S 362_L 0.86 0.07 0.00
365_D 325_V 0.86 0.07 0.00
294_A 258_L 0.86 0.07 0.00
349_V 169_F 0.86 0.07 0.00
120_A 325_V 0.86 0.07 0.00
371_L 185_V 0.86 0.07 0.00
326_L 114_T 0.85 0.07 0.00
347_I 74_V 0.85 0.07 0.00
222_V 341_P 0.85 0.07 0.00
122_E 133_R 0.85 0.07 0.00
279_S 191_V 0.85 0.07 0.00
108_S 178_T 0.85 0.07 0.00
241_F 131_Q 0.85 0.07 0.00
82_F 377_D 0.85 0.07 0.00
175_L 388_I 0.85 0.07 0.00
266_V 31_P 0.85 0.06 0.00
311_K 140_V 0.85 0.06 0.00
123_Y 275_E 0.85 0.06 0.00
5_I 345_L 0.85 0.06 0.00
48_D 39_E 0.85 0.06 0.00
253_T 325_V 0.84 0.06 0.00
340_K 258_L 0.84 0.06 0.00
74_S 198_H 0.84 0.06 0.00
360_I 273_L 0.84 0.06 0.00
345_A 340_K 0.84 0.06 0.00
49_S 27_L 0.84 0.06 0.00
278_A 75_V 0.84 0.06 0.00
135_I 284_S 0.84 0.06 0.00
359_L 77_R 0.84 0.06 0.00
106_I 213_F 0.84 0.06 0.00
152_A 174_E 0.84 0.06 0.00
271_F 127_A 0.84 0.06 0.00
253_T 222_W 0.84 0.06 0.00
252_T 344_R 0.84 0.06 0.00
38_S 111_M 0.84 0.06 0.00
166_N 273_L 0.83 0.06 0.00
84_E 301_A 0.83 0.06 0.00
149_T 140_V 0.83 0.06 0.00
142_L 56_G 0.83 0.06 0.00
371_L 178_T 0.83 0.06 0.00
42_V 224_I 0.83 0.06 0.00
152_A 185_V 0.83 0.06 0.00
29_I 235_G 0.83 0.06 0.00
236_K 138_I 0.83 0.06 0.00
337_D 352_L 0.82 0.06 0.00
264_I 155_I 0.82 0.06 0.00
274_A 57_V 0.82 0.06 0.00
166_N 174_E 0.82 0.06 0.00
13_S 34_V 0.82 0.06 0.00
204_P 149_N 0.82 0.06 0.00
74_S 62_R 0.82 0.06 0.00
82_F 134_I 0.82 0.06 0.00
14_V 372_L 0.82 0.06 0.00
137_I 68_E 0.82 0.06 0.00
17_V 293_T 0.82 0.06 0.00
151_F 203_G 0.82 0.06 0.00
157_E 57_V 0.82 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
7085 1.9 DNAN_DPO3B_BACSU-DINB2_DPO42_BACSU HHBlits Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
7081 3.82 DNAN_DPO3B_BACSU-DINB2_DPO42_BACSU Jackhammer Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared
6933 0.03 DNAN_DPO3B_BACSU-DINB2_DPO42_BACSU HHBlits Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
6893 0.1 DNAN_DPO3B_BACSU-DINB2_DPO42_BACSU Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared

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