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DNAN_DPO3B_BACSU-DINB1_DPO41_BACSU

Genes: A B A+B
Length: 378 414 765
Sequences: 7006 15947 78
Seq/Len: 18.53 38.52 0.1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.20
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.01
5 0.00 0.00 0.01
10 0.00 0.01 0.03
20 0.00 0.01 0.10
100 0.00 0.02 0.54
0.01 0.07 3.65
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
154_S 177_L 1.50 0.20 0.00
337_D 272_L 1.48 0.20 0.00
224_I 294_I 1.47 0.19 0.00
264_I 318_I 1.37 0.16 0.00
115_L 81_F 1.34 0.16 0.00
294_A 249_V 1.25 0.13 0.00
292_L 34_A 1.25 0.13 0.00
10_L 201_I 1.23 0.13 0.00
142_L 335_V 1.23 0.13 0.00
139_T 380_Y 1.23 0.13 0.00
221_L 290_L 1.23 0.13 0.00
46_G 64_V 1.21 0.12 0.00
280_L 70_H 1.19 0.12 0.00
277_R 152_L 1.16 0.12 0.00
249_Y 347_E 1.16 0.11 0.00
267_N 201_I 1.15 0.11 0.00
42_V 93_T 1.15 0.11 0.00
39_D 274_A 1.15 0.11 0.00
347_I 94_I 1.14 0.11 0.00
334_Y 213_H 1.13 0.11 0.00
106_I 201_I 1.13 0.11 0.00
86_V 292_I 1.10 0.10 0.00
152_A 80_N 1.09 0.10 0.00
304_S 294_I 1.08 0.10 0.00
344_G 58_V 1.07 0.10 0.00
167_W 193_A 1.07 0.10 0.00
335_M 269_F 1.07 0.10 0.00
355_M 17_Y 1.06 0.10 0.00
271_F 31_K 1.06 0.10 0.00
162_L 219_L 1.06 0.10 0.00
360_I 201_I 1.06 0.10 0.00
58_P 132_S 1.06 0.10 0.00
82_F 69_R 1.05 0.09 0.00
115_L 33_V 1.05 0.09 0.00
337_D 29_R 1.05 0.09 0.00
275_I 136_K 1.04 0.09 0.00
68_T 340_I 1.04 0.09 0.00
222_V 140_L 1.04 0.09 0.00
25_T 237_P 1.03 0.09 0.00
44_F 75_I 1.03 0.09 0.00
137_I 343_T 1.03 0.09 0.00
137_I 385_I 1.02 0.09 0.00
304_S 35_V 1.02 0.09 0.00
106_I 177_L 1.02 0.09 0.00
275_I 19_S 1.02 0.09 0.00
304_S 338_L 1.00 0.09 0.00
198_S 134_L 1.00 0.09 0.00
121_D 385_I 1.00 0.09 0.00
375_V 254_T 0.99 0.08 0.00
222_V 165_I 0.99 0.08 0.00
347_I 50_S 0.99 0.08 0.00
74_S 107_I 0.98 0.08 0.00
17_V 111_Y 0.98 0.08 0.00
179_T 17_Y 0.97 0.08 0.00
347_I 328_K 0.97 0.08 0.00
271_F 269_F 0.97 0.08 0.00
152_A 340_I 0.96 0.08 0.00
241_F 23_A 0.96 0.08 0.00
137_I 242_R 0.96 0.08 0.00
3_F 188_V 0.96 0.08 0.00
89_L 376_L 0.95 0.08 0.00
217_D 182_V 0.94 0.08 0.00
185_A 182_V 0.94 0.08 0.00
128_Q 255_L 0.94 0.08 0.00
180_D 232_G 0.94 0.08 0.00
211_L 202_H 0.94 0.08 0.00
290_V 121_S 0.93 0.08 0.00
87_K 16_F 0.93 0.08 0.00
317_V 20_V 0.93 0.07 0.00
347_I 165_I 0.93 0.07 0.00
189_A 94_I 0.93 0.07 0.00
158_T 250_G 0.93 0.07 0.00
94_V 349_E 0.92 0.07 0.00
350_S 231_N 0.92 0.07 0.00
121_D 269_F 0.92 0.07 0.00
339_L 94_I 0.92 0.07 0.00
359_L 185_M 0.92 0.07 0.00
337_D 208_A 0.92 0.07 0.00
334_Y 42_R 0.91 0.07 0.00
275_I 322_A 0.91 0.07 0.00
123_Y 258_D 0.91 0.07 0.00
334_Y 153_A 0.91 0.07 0.00
82_F 340_I 0.91 0.07 0.00
3_F 144_I 0.91 0.07 0.00
38_S 112_M 0.90 0.07 0.00
282_A 45_I 0.90 0.07 0.00
146_I 233_I 0.90 0.07 0.00
180_D 357_L 0.90 0.07 0.00
360_I 269_F 0.90 0.07 0.00
40_D 303_T 0.90 0.07 0.00
146_I 369_I 0.90 0.07 0.00
290_V 355_L 0.90 0.07 0.00
337_D 104_P 0.90 0.07 0.00
40_D 307_T 0.90 0.07 0.00
373_L 45_I 0.90 0.07 0.00
10_L 100_D 0.90 0.07 0.00
250_P 57_G 0.89 0.07 0.00
154_S 342_G 0.89 0.07 0.00
228_E 274_A 0.89 0.07 0.00
215_L 188_V 0.89 0.07 0.00
138_P 173_V 0.89 0.07 0.00
123_Y 271_K 0.89 0.07 0.00
236_K 376_L 0.89 0.07 0.00
46_G 238_V 0.89 0.07 0.00
311_K 140_L 0.89 0.07 0.00
117_G 69_R 0.89 0.07 0.00
237_N 168_L 0.89 0.07 0.00
316_I 75_I 0.88 0.07 0.00
122_E 237_P 0.88 0.07 0.00
191_L 373_M 0.88 0.07 0.00
277_R 57_G 0.88 0.07 0.00
82_F 374_E 0.88 0.07 0.00
269_K 130_I 0.88 0.07 0.00
5_I 338_L 0.88 0.07 0.00
96_I 308_L 0.88 0.07 0.00
279_S 188_V 0.88 0.07 0.00
228_E 58_V 0.88 0.07 0.00
119_D 182_V 0.87 0.07 0.00
190_K 340_I 0.87 0.07 0.00
373_L 155_M 0.87 0.07 0.00
264_I 340_I 0.87 0.07 0.00
74_S 195_K 0.87 0.07 0.00
276_D 188_V 0.87 0.07 0.00
182_H 200_G 0.87 0.07 0.00
70_E 250_G 0.87 0.07 0.00
271_F 127_A 0.87 0.07 0.00
166_N 171_R 0.87 0.07 0.00
48_D 139_L 0.87 0.07 0.00
241_F 131_Q 0.86 0.07 0.00
264_I 190_K 0.86 0.07 0.00
263_E 34_A 0.86 0.07 0.00
175_L 385_I 0.86 0.07 0.00
224_I 310_N 0.86 0.07 0.00
157_E 58_V 0.86 0.07 0.00
326_L 115_T 0.86 0.07 0.00
264_I 155_M 0.86 0.07 0.00
74_S 131_Q 0.86 0.07 0.00
110_K 207_L 0.86 0.07 0.00
222_V 334_P 0.86 0.07 0.00
79_A 28_L 0.85 0.07 0.00
153_V 341_T 0.85 0.07 0.00
240_F 90_A 0.85 0.07 0.00
352_T 140_L 0.85 0.07 0.00
48_D 40_K 0.85 0.07 0.00
146_I 95_L 0.85 0.06 0.00
152_A 182_V 0.85 0.06 0.00
86_V 140_L 0.85 0.06 0.00
237_N 233_I 0.84 0.06 0.00
35_I 283_K 0.84 0.06 0.00
359_L 78_P 0.84 0.06 0.00
359_L 318_I 0.84 0.06 0.00
233_F 332_K 0.84 0.06 0.00
345_A 56_R 0.84 0.06 0.00
253_T 219_L 0.84 0.06 0.00
49_S 28_L 0.84 0.06 0.00
53_I 91_M 0.84 0.06 0.00
53_I 318_I 0.84 0.06 0.00
266_V 32_P 0.84 0.06 0.00
142_L 57_G 0.84 0.06 0.00
21_V 318_I 0.84 0.06 0.00
236_K 138_L 0.83 0.06 0.00
149_T 140_L 0.83 0.06 0.00
315_A 138_L 0.83 0.06 0.00
264_I 122_R 0.83 0.06 0.00
36_V 207_L 0.83 0.06 0.00
110_K 30_G 0.83 0.06 0.00
227_T 198_G 0.83 0.06 0.00
233_F 76_V 0.83 0.06 0.00
13_S 384_L 0.83 0.06 0.00
151_F 200_G 0.83 0.06 0.00
316_I 177_L 0.83 0.06 0.00
337_D 345_L 0.83 0.06 0.00
14_V 374_E 0.83 0.06 0.00
326_L 206_E 0.83 0.06 0.00
29_I 232_G 0.83 0.06 0.00
204_P 318_I 0.83 0.06 0.00
249_Y 89_R 0.83 0.06 0.00
217_D 300_R 0.83 0.06 0.00
311_K 326_F 0.83 0.06 0.00
149_T 112_M 0.83 0.06 0.00
108_S 167_I 0.82 0.06 0.00
74_S 63_P 0.82 0.06 0.00
216_D 377_N 0.82 0.06 0.00
114_N 49_C 0.82 0.06 0.00
106_I 210_A 0.82 0.06 0.00
361_R 237_P 0.82 0.06 0.00
207_S 340_I 0.82 0.06 0.00
204_P 149_N 0.82 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
7086 1.88 DNAN_DPO3B_BACSU-DINB1_DPO41_BACSU HHBlits Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
7082 3.81 DNAN_DPO3B_BACSU-DINB1_DPO41_BACSU Jackhammer Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared
6934 0.03 DNAN_DPO3B_BACSU-DINB1_DPO41_BACSU HHBlits Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
6894 0.1 DNAN_DPO3B_BACSU-DINB1_DPO41_BACSU Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared

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