GREMLIN.BAKERLAB.org
Powered by OPENSEQ.org
1B70_A_B

Genes: A B A+B
Length: 350 785 936
Sequences: 2069 2720 2030
Seq/Len: 5.91 3.46 2.17
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.08 0.03 1.64
2 0.08 0.03 1.73
5 0.08 0.03 1.77
10 0.08 0.03 1.78
20 0.08 0.03 1.79
100 0.08 0.03 1.81
0.08 0.03 2.00
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
232_H 475_A 3.07 1.00 1.00
127_V 544_L 2.55 1.00 0.99
238_Y 474_L 2.45 1.00 0.99
86_V 607_F 2.08 0.99 0.98
213_E 513_Y 1.93 0.99 0.97
73_E 661_Q 1.84 0.98 0.95
99_G 508_Q 1.74 0.97 0.94
142_H 345_K 1.71 0.97 0.93
287_H 455_L 1.69 0.96 0.92
74_E 658_E 1.65 0.96 0.91
127_V 531_L 1.62 0.95 0.90
100_L 571_F 1.60 0.95 0.90
154_L 531_L 1.59 0.95 0.89
93_A 605_G 1.56 0.94 0.88
92_G 611_G 1.55 0.94 0.88
93_A 608_L 1.52 0.93 0.86
112_E 496_Q 1.52 0.93 0.86
81_L 656_H 1.48 0.91 0.84
77_L 658_E 1.43 0.90 0.81
214_A 515_F 1.36 0.86 0.77
175_L 544_L 1.35 0.86 0.76
81_L 635_H 1.35 0.86 0.76
311_T 414_L 1.33 0.84 0.74
287_H 457_E 1.30 0.83 0.72
227_G 413_R 1.29 0.82 0.71
90_L 598_W 1.29 0.82 0.71
84_E 635_H 1.29 0.82 0.71
88_V 628_A 1.29 0.82 0.71
231_A 475_A 1.26 0.80 0.69
142_H 341_V 1.25 0.79 0.67
86_V 606_Y 1.19 0.74 0.61
256_V 159_E 1.18 0.74 0.60
305_P 407_R 1.17 0.72 0.58
81_L 657_P 1.13 0.69 0.54
201_R 511_Y 1.09 0.65 0.50
108_R 500_E 1.08 0.64 0.49
235_G 476_L 1.06 0.62 0.47
81_L 636_P 1.06 0.61 0.46
104_T 509_E 1.05 0.61 0.46
147_D 344_R 1.05 0.61 0.46
235_G 477_P 1.05 0.60 0.45
85_R 628_A 1.05 0.60 0.45
230_M 472_I 1.04 0.59 0.44
108_R 496_Q 1.02 0.57 0.41
340_L 568_A 1.01 0.56 0.41
90_L 730_L 1.01 0.56 0.40
174_L 533_L 1.01 0.56 0.40
100_L 503_S 1.00 0.55 0.39
174_L 534_L 0.99 0.54 0.38
215_V 515_F 0.99 0.53 0.38
88_V 639_S 0.99 0.53 0.38
123_E 575_R 0.92 0.46 0.30
92_G 614_E 0.92 0.45 0.30
330_P 686_D 0.91 0.45 0.30
40_S 698_A 0.91 0.44 0.29
237_I 470_E 0.89 0.42 0.27
305_P 410_Y 0.89 0.42 0.27
229_A 475_A 0.89 0.42 0.27
223_V 477_P 0.88 0.41 0.26
153_W 714_V 0.88 0.41 0.26
148_M 534_L 0.86 0.39 0.24
304_P 748_R 0.86 0.39 0.24
334_Y 684_F 0.84 0.37 0.22
230_M 464_A 0.84 0.36 0.22
338_G 555_V 0.83 0.36 0.21
214_A 175_R 0.82 0.35 0.21
242_Q 299_V 0.82 0.35 0.21
239_E 476_L 0.82 0.35 0.21
84_E 637_G 0.82 0.34 0.20
197_V 167_A 0.79 0.32 0.18
90_L 136_P 0.79 0.32 0.18
215_V 511_Y 0.79 0.32 0.18
332_I 515_F 0.78 0.31 0.17
231_A 472_I 0.78 0.31 0.17
123_E 495_E 0.77 0.30 0.17
119_Y 173_L 0.77 0.30 0.17
340_L 570_L 0.77 0.30 0.17
305_P 456_E 0.77 0.29 0.16
88_V 640_G 0.77 0.29 0.16
288_P 457_E 0.77 0.29 0.16
94_S 618_A 0.76 0.29 0.16
232_H 476_L 0.76 0.29 0.16
44_L 540_E 0.75 0.28 0.15
280_L 760_E 0.75 0.28 0.15
85_R 704_P 0.75 0.28 0.15
174_L 120_P 0.75 0.28 0.15
330_P 684_F 0.75 0.28 0.15
228_I 356_A 0.74 0.27 0.14
103_I 157_D 0.73 0.26 0.14
39_L 688_S 0.73 0.26 0.14
88_V 606_Y 0.73 0.26 0.14
232_H 477_P 0.72 0.26 0.13
256_V 165_P 0.72 0.25 0.13
119_Y 477_P 0.72 0.25 0.13
155_T 532_L 0.72 0.25 0.13
154_L 544_L 0.72 0.25 0.13
289_K 455_L 0.72 0.25 0.13
313_F 477_P 0.72 0.25 0.13
67_A 280_G 0.72 0.25 0.13
214_A 537_L 0.71 0.25 0.13
84_E 744_A 0.71 0.25 0.13
84_E 656_H 0.71 0.25 0.12
195_R 479_F 0.71 0.24 0.12
337_G 558_E 0.71 0.24 0.12
142_H 339_D 0.71 0.24 0.12
195_R 754_R 0.70 0.24 0.12
208_T 541_K 0.70 0.24 0.12
58_K 684_F 0.70 0.23 0.11
243_A 221_L 0.69 0.23 0.11
232_H 472_I 0.69 0.23 0.11
214_A 535_N 0.69 0.23 0.11
84_E 657_P 0.69 0.22 0.11
127_V 722_L 0.68 0.22 0.11
280_L 353_R 0.68 0.22 0.10
226_E 413_R 0.68 0.22 0.10
66_E 519_E 0.68 0.22 0.10
291_F 638_V 0.68 0.22 0.10
67_A 279_E 0.68 0.21 0.10
203_F 514_S 0.67 0.21 0.10
86_V 652_L 0.67 0.21 0.10
63_A 655_L 0.67 0.21 0.10
77_L 661_Q 0.67 0.21 0.10
180_S 172_G 0.67 0.21 0.10
127_V 730_L 0.66 0.20 0.10
197_V 697_L 0.66 0.20 0.09
142_H 248_V 0.66 0.20 0.09
215_V 175_R 0.66 0.20 0.09
230_M 492_Y 0.66 0.20 0.09
283_A 433_C 0.65 0.20 0.09
154_L 533_L 0.65 0.20 0.09
151_T 570_L 0.65 0.20 0.09
64_A 613_L 0.65 0.20 0.09
188_V 297_D 0.65 0.20 0.09
61_L 464_A 0.65 0.20 0.09
243_A 710_V 0.65 0.20 0.09
184_V 382_A 0.65 0.20 0.09
256_V 160_V 0.65 0.19 0.09
47_R 415_L 0.65 0.19 0.09
289_K 243_N 0.65 0.19 0.09
336_F 515_F 0.65 0.19 0.09
224_V 761_V 0.65 0.19 0.09
257_Y 159_E 0.65 0.19 0.09
227_G 478_A 0.64 0.19 0.09
90_L 707_Y 0.64 0.19 0.08
285_M 414_L 0.64 0.19 0.08
147_D 345_K 0.64 0.19 0.08
113_I 378_S 0.64 0.19 0.08
227_G 176_D 0.64 0.19 0.08
174_L 674_R 0.64 0.19 0.08
63_A 759_E 0.64 0.19 0.08
45_E 148_E 0.64 0.19 0.08
224_V 613_L 0.64 0.19 0.08
104_T 573_V 0.63 0.18 0.08
269_V 692_A 0.63 0.18 0.08
116_A 492_Y 0.63 0.18 0.08
132_F 213_F 0.63 0.18 0.08
177_T 119_S 0.63 0.18 0.08
148_M 162_P 0.63 0.18 0.08
310_V 540_E 0.63 0.18 0.08
173_L 332_A 0.62 0.18 0.08
283_A 515_F 0.62 0.18 0.08
174_L 126_G 0.62 0.18 0.08
208_T 513_Y 0.62 0.18 0.08
73_E 725_L 0.62 0.18 0.08
234_K 474_L 0.62 0.18 0.08
178_H 162_P 0.62 0.18 0.08
92_G 626_V 0.62 0.18 0.08
257_Y 171_L 0.62 0.17 0.07
203_F 511_Y 0.62 0.17 0.07
240_L 119_S 0.62 0.17 0.07
251_V 471_T 0.62 0.17 0.07
78_K 429_K 0.62 0.17 0.07
154_L 534_L 0.62 0.17 0.07
253_F 383_L 0.62 0.17 0.07
89_S 706_P 0.62 0.17 0.07
196_I 145_P 0.62 0.17 0.07
108_R 499_R 0.61 0.17 0.07
249_S 750_R 0.61 0.17 0.07
84_E 728_F 0.61 0.17 0.07
89_S 300_I 0.61 0.17 0.07
225_G 157_D 0.61 0.17 0.07
203_F 577_F 0.61 0.17 0.07
250_K 770_E 0.60 0.17 0.07
252_R 162_P 0.60 0.17 0.07
244_L 495_E 0.60 0.17 0.07
74_E 619_R 0.60 0.17 0.07
86_V 520_D 0.60 0.17 0.07
97_S 676_P 0.60 0.17 0.07
256_V 180_L 0.60 0.16 0.07
241_A 638_V 0.60 0.16 0.07
281_G 692_A 0.60 0.16 0.07
337_G 124_G 0.60 0.16 0.07
265_A 472_I 0.60 0.16 0.07
265_A 469_Y 0.60 0.16 0.07
103_I 502_L 0.60 0.16 0.07
227_G 613_L 0.60 0.16 0.07
326_R 509_E 0.60 0.16 0.07
326_R 146_L 0.59 0.16 0.07
203_F 687_P 0.59 0.16 0.07
322_L 428_L 0.59 0.16 0.06
219_L 737_P 0.59 0.16 0.06
313_F 748_R 0.59 0.16 0.06
127_V 758_D 0.59 0.16 0.06
181_P 411_A 0.59 0.16 0.06
61_L 248_V 0.59 0.16 0.06
332_I 235_F 0.59 0.16 0.06
303_L 741_K 0.59 0.15 0.06
235_G 475_A 0.59 0.15 0.06
106_M 251_Y 0.58 0.15 0.06
227_G 231_Q 0.58 0.15 0.06
149_W 156_L 0.58 0.15 0.06
129_S 354_T 0.58 0.15 0.06
88_V 652_L 0.58 0.15 0.06
56_A 585_L 0.58 0.15 0.06
201_R 521_A 0.58 0.15 0.06
278_L 362_R 0.58 0.15 0.06
214_A 541_K 0.58 0.15 0.06
317_L 300_I 0.58 0.15 0.06
126_E 575_R 0.58 0.15 0.06
324_M 268_V 0.58 0.15 0.06
265_A 515_F 0.58 0.15 0.06
326_R 765_V 0.58 0.15 0.06
337_G 535_N 0.58 0.15 0.06
292_Q 455_L 0.58 0.15 0.06
256_V 469_Y 0.58 0.15 0.06
335_F 511_Y 0.58 0.15 0.06
340_L 508_Q 0.57 0.15 0.06
117_L 317_M 0.57 0.15 0.06
323_A 695_R 0.57 0.15 0.06
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
7246 2.17 1B70_A_B Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 1.00 Done - Shared
7245 2.17 1B70_A_B Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 1.00 Done - Shared

Page generated in 0.0649 seconds.