GREMLIN.BAKERLAB.org
Powered by OPENSEQ.org
2Y69_A_C

Genes: A B A+B
Length: 514 261 770
Sequences: 3001 2491 1394
Seq/Len: 5.84 9.54 1.81
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.11
2 0.01 0.01 0.35
5 0.01 0.01 1.52
10 0.01 0.01 1.71
20 0.01 0.01 1.80
100 0.01 0.01 1.83
0.04 0.01 1.88
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
204_A 96_G 3.79 1.00 1.00
215_L 35_F 2.19 0.99 0.98
100_M 21_A 1.89 0.98 0.95
100_M 20_G 1.87 0.98 0.95
170_N 78_G 1.33 0.80 0.69
275_W 96_G 1.30 0.78 0.66
356_I 171_V 1.23 0.72 0.58
217_T 188_I 1.20 0.70 0.55
330_G 228_T 1.19 0.69 0.54
152_L 28_T 1.17 0.67 0.52
159_L 54_M 1.16 0.66 0.51
279_S 250_L 1.14 0.64 0.49
155_V 54_M 1.13 0.64 0.48
342_L 210_I 1.12 0.62 0.46
155_V 20_G 1.11 0.61 0.46
134_G 136_V 1.09 0.59 0.43
148_F 28_T 1.08 0.58 0.42
205_G 187_T 1.04 0.54 0.38
390_M 95_T 1.04 0.54 0.38
165_I 85_L 1.04 0.54 0.38
99_N 141_G 1.02 0.52 0.36
7_L 18_L 1.01 0.51 0.35
261_Y 96_G 1.01 0.51 0.34
447_Y 129_V 1.01 0.50 0.34
419_V 217_V 1.00 0.49 0.33
46_T 123_P 1.00 0.49 0.33
27_G 238_A 0.99 0.48 0.32
83_V 153_E 0.97 0.47 0.30
33_L 253_Y 0.94 0.43 0.27
357_V 159_M 0.94 0.43 0.27
283_L 103_H 0.94 0.43 0.27
189_M 198_F 0.93 0.42 0.26
135_N 36_H 0.93 0.42 0.26
168_I 135_S 0.93 0.42 0.26
26_A 8_Y 0.92 0.41 0.25
257_I 239_A 0.92 0.41 0.25
50_D 10_M 0.92 0.41 0.25
215_L 188_I 0.91 0.40 0.24
388_A 253_Y 0.91 0.40 0.24
261_Y 5_T 0.91 0.39 0.24
97_M 238_A 0.90 0.38 0.23
97_M 54_M 0.89 0.38 0.23
401_S 171_V 0.89 0.38 0.22
155_V 24_A 0.89 0.37 0.22
345_I 55_Y 0.89 0.37 0.22
279_S 261_S 0.88 0.37 0.21
272_G 106_L 0.88 0.37 0.21
397_F 170_G 0.88 0.36 0.21
398_P 78_G 0.88 0.36 0.21
325_A 95_T 0.87 0.36 0.21
211_T 199_V 0.87 0.36 0.21
447_Y 48_T 0.87 0.36 0.21
362_S 139_A 0.87 0.35 0.20
89_A 151_L 0.87 0.35 0.20
152_L 24_A 0.87 0.35 0.20
394_V 5_T 0.86 0.35 0.20
505_F 6_H 0.86 0.35 0.20
256_H 238_A 0.86 0.35 0.20
229_I 152_M 0.86 0.34 0.19
155_V 53_T 0.85 0.34 0.19
176_M 206_L 0.85 0.34 0.19
508_P 128_E 0.85 0.34 0.19
490_T 198_F 0.85 0.33 0.18
261_Y 136_V 0.84 0.33 0.18
42_G 239_A 0.84 0.33 0.18
456_M 220_F 0.84 0.33 0.18
419_V 175_L 0.84 0.33 0.18
29_V 254_V 0.83 0.32 0.18
123_G 118_P 0.83 0.32 0.17
443_Y 221_R 0.83 0.32 0.17
196_L 85_L 0.83 0.32 0.17
154_G 211_G 0.82 0.31 0.17
356_I 200_A 0.82 0.31 0.17
97_M 63_R 0.82 0.31 0.16
48_L 124_L 0.82 0.31 0.16
26_A 189_S 0.81 0.30 0.16
474_E 34_W 0.81 0.30 0.16
345_I 13_P 0.81 0.30 0.16
357_V 107_A 0.81 0.30 0.16
389_I 5_T 0.81 0.30 0.16
416_I 165_I 0.81 0.30 0.16
333_K 49_T 0.81 0.30 0.16
107_P 25_L 0.81 0.30 0.16
192_A 149_H 0.81 0.30 0.16
324_L 150_S 0.81 0.30 0.16
21_L 209_I 0.81 0.30 0.16
265_K 250_L 0.81 0.30 0.16
294_T 129_V 0.81 0.29 0.15
64_V 129_V 0.80 0.29 0.15
122_A 29_S 0.80 0.29 0.15
507_E 5_T 0.80 0.29 0.15
410_A 96_G 0.80 0.29 0.15
159_L 83_M 0.80 0.29 0.15
152_L 75_V 0.80 0.29 0.15
110_L 27_M 0.79 0.28 0.15
275_W 92_L 0.79 0.28 0.15
389_I 124_L 0.79 0.28 0.14
511_V 171_V 0.79 0.28 0.14
18_L 22_L 0.78 0.27 0.14
110_L 25_L 0.78 0.27 0.14
153_A 170_G 0.78 0.27 0.14
185_V 225_F 0.78 0.27 0.14
304_Y 141_G 0.78 0.27 0.14
334_W 47_L 0.78 0.27 0.14
187_S 218_C 0.78 0.27 0.14
113_L 253_Y 0.78 0.27 0.14
227_D 103_H 0.78 0.27 0.14
359_A 158_H 0.78 0.27 0.13
453_I 27_M 0.77 0.27 0.13
125_G 117_P 0.77 0.27 0.13
504_T 21_A 0.77 0.26 0.13
423_M 18_L 0.77 0.26 0.13
207_T 130_P 0.77 0.26 0.13
297_M 158_H 0.77 0.26 0.13
306_T 139_A 0.77 0.26 0.13
397_F 65_S 0.76 0.26 0.13
87_I 33_M 0.76 0.26 0.13
158_I 119_T 0.76 0.26 0.12
345_I 250_L 0.76 0.25 0.12
297_M 142_V 0.76 0.25 0.12
359_A 254_V 0.76 0.25 0.12
324_L 139_A 0.76 0.25 0.12
21_L 206_L 0.76 0.25 0.12
279_S 149_H 0.75 0.25 0.12
452_T 142_V 0.75 0.25 0.12
413_H 37_F 0.75 0.25 0.12
193_V 210_I 0.75 0.25 0.12
274_V 183_E 0.75 0.25 0.12
205_G 55_Y 0.75 0.25 0.12
54_Y 18_L 0.75 0.25 0.12
447_Y 213_T 0.75 0.25 0.12
350_V 1_M 0.75 0.24 0.12
265_K 127_L 0.75 0.24 0.12
185_V 27_M 0.75 0.24 0.12
338_M 45_I 0.74 0.24 0.12
311_I 125_N 0.74 0.24 0.12
69_M 5_T 0.74 0.24 0.12
162_I 172_Y 0.74 0.24 0.12
431_L 141_G 0.74 0.24 0.12
81_W 240_W 0.74 0.24 0.11
20_L 5_T 0.74 0.24 0.11
469_V 187_T 0.74 0.24 0.11
390_M 31_L 0.74 0.24 0.11
496_N 8_Y 0.74 0.24 0.11
104_L 72_T 0.74 0.24 0.11
215_L 80_R 0.74 0.24 0.11
86_M 83_M 0.74 0.24 0.11
140_G 75_V 0.74 0.24 0.11
85_L 34_W 0.74 0.24 0.11
339_M 109_T 0.74 0.24 0.11
340_W 191_G 0.73 0.23 0.11
416_I 91_V 0.73 0.23 0.11
166_T 53_T 0.73 0.23 0.11
83_V 178_A 0.73 0.23 0.11
494_W 219_F 0.73 0.23 0.11
29_V 198_F 0.73 0.23 0.11
285_F 88_I 0.73 0.23 0.11
100_M 56_Q 0.73 0.23 0.11
215_L 163_L 0.73 0.23 0.11
161_A 72_T 0.73 0.23 0.11
258_V 212_S 0.73 0.23 0.11
260_Y 172_Y 0.73 0.23 0.11
346_F 258_W 0.73 0.23 0.11
154_G 244_F 0.73 0.23 0.11
467_L 31_L 0.73 0.23 0.11
198_S 92_L 0.73 0.23 0.10
231_Y 176_L 0.72 0.23 0.10
298_D 7_A 0.72 0.23 0.10
217_T 212_S 0.72 0.23 0.10
73_I 35_F 0.72 0.23 0.10
169_I 13_P 0.72 0.23 0.10
53_I 144_I 0.72 0.23 0.10
62_A 139_A 0.72 0.23 0.10
253_M 33_M 0.72 0.23 0.10
224_G 240_W 0.72 0.22 0.10
289_A 199_V 0.72 0.22 0.10
418_F 131_L 0.72 0.22 0.10
119_E 100_A 0.72 0.22 0.10
466_M 102_Y 0.72 0.22 0.10
154_G 242_W 0.72 0.22 0.10
161_A 220_F 0.72 0.22 0.10
293_F 70_H 0.71 0.22 0.10
91_D 246_D 0.71 0.22 0.10
182_P 123_P 0.71 0.22 0.10
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

Page generated in 0.0487 seconds.