GREMLIN.BAKERLAB.org
Powered by OPENSEQ.org
MA-OA

Genes: A B A+B
Length: 251 346 588
Sequences: 1047 1536 259
Seq/Len: 4.17 4.44 0.44
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.80
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.04 0.00
2 0.00 0.04 0.00
5 0.00 0.05 0.00
10 0.00 0.06 0.01
20 0.00 0.07 0.02
100 0.00 0.08 0.07
0.02 0.11 0.43
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
139_H 153_T 1.55 0.56 0.00
91_G 286_I 1.51 0.53 0.00
214_R 262_D 1.41 0.46 0.00
202_L 290_I 1.37 0.43 0.00
117_V 269_Y 1.36 0.42 0.00
175_W 261_T 1.27 0.36 0.00
215_E 154_P 1.26 0.35 0.00
66_P 35_G 1.26 0.35 0.00
51_I 276_R 1.26 0.35 0.00
59_W 327_D 1.22 0.32 0.00
77_N 265_G 1.21 0.32 0.00
114_F 128_K 1.20 0.31 0.00
63_V 145_A 1.18 0.30 0.00
195_Q 19_A 1.17 0.29 0.00
134_G 262_D 1.17 0.29 0.00
31_P 302_E 1.17 0.29 0.00
165_M 228_A 1.16 0.29 0.00
138_G 7_A 1.16 0.28 0.00
122_N 16_A 1.15 0.28 0.00
107_T 238_L 1.14 0.28 0.00
55_V 184_S 1.12 0.27 0.00
110_G 301_G 1.11 0.26 0.00
160_D 262_D 1.11 0.26 0.00
157_T 238_L 1.11 0.26 0.00
47_L 34_L 1.11 0.26 0.00
79_E 116_T 1.09 0.25 0.00
82_A 266_S 1.09 0.25 0.00
157_T 53_E 1.08 0.24 0.00
232_P 340_V 1.08 0.24 0.00
119_G 238_L 1.07 0.23 0.00
39_M 115_Y 1.07 0.23 0.00
220_R 260_Y 1.07 0.23 0.00
40_Y 93_Y 1.07 0.23 0.00
10_L 261_T 1.07 0.23 0.00
169_F 156_I 1.06 0.23 0.00
143_G 14_G 1.06 0.23 0.00
37_R 299_G 1.06 0.23 0.00
81_P 1_M 1.05 0.23 0.00
112_G 287_S 1.04 0.22 0.00
52_V 228_A 1.04 0.22 0.00
124_K 317_R 1.03 0.22 0.00
216_A 144_F 1.03 0.21 0.00
8_L 161_E 1.03 0.21 0.00
81_P 141_S 1.02 0.21 0.00
63_V 224_N 1.02 0.21 0.00
45_N 261_T 1.01 0.21 0.00
215_E 245_L 1.01 0.20 0.00
109_L 76_Y 1.01 0.20 0.00
81_P 161_E 1.01 0.20 0.00
28_R 118_L 1.01 0.20 0.00
101_T 230_L 1.00 0.20 0.00
111_M 242_Y 1.00 0.20 0.00
78_L 267_D 1.00 0.20 0.00
42_F 57_G 1.00 0.20 0.00
63_V 199_V 1.00 0.20 0.00
52_V 238_L 0.99 0.20 0.00
40_Y 161_E 0.99 0.19 0.00
145_G 92_A 0.99 0.19 0.00
89_L 153_T 0.99 0.19 0.00
186_T 152_I 0.99 0.19 0.00
191_E 106_Y 0.98 0.19 0.00
107_T 54_N 0.98 0.19 0.00
114_F 279_Q 0.98 0.19 0.00
38_T 195_E 0.98 0.19 0.00
146_P 187_V 0.97 0.19 0.00
142_V 231_K 0.97 0.18 0.00
248_I 225_F 0.97 0.18 0.00
184_K 80_G 0.97 0.18 0.00
222_D 187_V 0.96 0.18 0.00
71_L 263_R 0.96 0.18 0.00
52_V 226_N 0.96 0.18 0.00
80_E 35_G 0.96 0.18 0.00
111_M 191_F 0.96 0.18 0.00
16_V 144_F 0.95 0.18 0.00
56_A 138_T 0.95 0.18 0.00
70_G 297_A 0.95 0.18 0.00
119_G 55_Q 0.95 0.17 0.00
55_V 154_P 0.94 0.17 0.00
52_V 290_I 0.94 0.17 0.00
37_R 278_A 0.94 0.17 0.00
133_F 191_F 0.94 0.17 0.00
31_P 265_G 0.94 0.17 0.00
35_F 246_S 0.94 0.17 0.00
172_V 51_T 0.94 0.17 0.00
51_I 260_Y 0.94 0.17 0.00
133_F 192_G 0.94 0.17 0.00
34_G 286_I 0.94 0.17 0.00
149_Q 25_D 0.94 0.17 0.00
103_F 192_G 0.93 0.17 0.00
78_L 209_E 0.93 0.17 0.00
99_H 2_K 0.93 0.17 0.00
159_R 29_Y 0.93 0.17 0.00
12_T 228_A 0.93 0.17 0.00
140_Y 231_K 0.93 0.17 0.00
148_V 290_I 0.93 0.17 0.00
40_Y 117_R 0.93 0.17 0.00
175_W 158_T 0.93 0.17 0.00
33_E 29_Y 0.92 0.16 0.00
123_P 72_F 0.92 0.16 0.00
112_G 246_S 0.92 0.16 0.00
219_Q 257_V 0.92 0.16 0.00
91_G 292_A 0.92 0.16 0.00
85_V 184_S 0.92 0.16 0.00
165_M 275_E 0.92 0.16 0.00
207_S 122_V 0.92 0.16 0.00
66_P 166_N 0.92 0.16 0.00
101_T 335_K 0.92 0.16 0.00
38_T 246_S 0.92 0.16 0.00
157_T 227_K 0.92 0.16 0.00
88_F 290_I 0.91 0.16 0.00
225_A 245_L 0.91 0.16 0.00
143_G 303_S 0.91 0.16 0.00
40_Y 26_N 0.91 0.16 0.00
90_Q 327_D 0.91 0.16 0.00
119_G 228_A 0.91 0.16 0.00
175_W 94_K 0.91 0.16 0.00
7_A 60_A 0.90 0.16 0.00
217_Y 290_I 0.90 0.16 0.00
107_T 260_Y 0.90 0.16 0.00
205_Q 62_G 0.90 0.16 0.00
140_Y 188_S 0.90 0.16 0.00
93_P 266_S 0.90 0.15 0.00
191_E 14_G 0.90 0.15 0.00
67_A 137_D 0.90 0.15 0.00
248_I 262_D 0.90 0.15 0.00
79_E 335_K 0.90 0.15 0.00
136_T 43_G 0.90 0.15 0.00
16_V 297_A 0.90 0.15 0.00
105_L 290_I 0.90 0.15 0.00
11_G 290_I 0.90 0.15 0.00
71_L 7_A 0.89 0.15 0.00
114_F 254_S 0.89 0.15 0.00
225_A 246_S 0.89 0.15 0.00
34_G 287_S 0.89 0.15 0.00
39_M 13_A 0.89 0.15 0.00
133_F 265_G 0.89 0.15 0.00
74_F 209_E 0.89 0.15 0.00
117_V 21_A 0.89 0.15 0.00
227_G 297_A 0.89 0.15 0.00
15_L 260_Y 0.89 0.15 0.00
209_P 3_K 0.89 0.15 0.00
227_G 300_M 0.88 0.15 0.00
98_V 122_V 0.88 0.15 0.00
118_A 233_E 0.88 0.15 0.00
181_S 228_A 0.88 0.15 0.00
174_S 72_F 0.88 0.15 0.00
47_L 209_E 0.88 0.15 0.00
84_M 104_L 0.88 0.15 0.00
131_H 242_Y 0.88 0.15 0.00
34_G 75_G 0.88 0.15 0.00
118_A 183_L 0.87 0.15 0.00
48_D 41_D 0.87 0.14 0.00
233_Q 332_I 0.87 0.14 0.00
109_L 296_S 0.87 0.14 0.00
81_P 35_G 0.87 0.14 0.00
147_Y 29_Y 0.87 0.14 0.00
230_L 297_A 0.87 0.14 0.00
81_P 75_G 0.86 0.14 0.00
108_I 129_S 0.86 0.14 0.00
80_E 71_G 0.86 0.14 0.00
9_A 95_A 0.86 0.14 0.00
171_P 115_Y 0.86 0.14 0.00
134_G 186_G 0.86 0.14 0.00
212_M 314_V 0.86 0.14 0.00
28_R 230_L 0.86 0.14 0.00
248_I 327_D 0.86 0.14 0.00
34_G 156_I 0.86 0.14 0.00
39_M 41_D 0.86 0.14 0.00
56_A 9_A 0.86 0.14 0.00
111_M 102_A 0.86 0.14 0.00
114_F 106_Y 0.86 0.14 0.00
216_A 191_F 0.86 0.14 0.00
212_M 245_L 0.85 0.14 0.00
132_R 300_M 0.85 0.14 0.00
4_R 198_P 0.85 0.14 0.00
138_G 3_K 0.85 0.14 0.00
157_T 284_Y 0.85 0.14 0.00
12_T 332_I 0.85 0.14 0.00
146_P 125_A 0.85 0.14 0.00
215_E 294_K 0.85 0.14 0.00
11_G 243_S 0.85 0.14 0.00
130_P 255_V 0.85 0.14 0.00
105_L 239_D 0.85 0.14 0.00
235_N 158_T 0.85 0.14 0.00
166_A 146_G 0.85 0.14 0.00
248_I 330_V 0.85 0.14 0.00
39_M 299_G 0.85 0.14 0.00
208_D 299_G 0.85 0.14 0.00
29_S 257_V 0.85 0.14 0.00
144_Y 35_G 0.84 0.14 0.00
140_Y 269_Y 0.84 0.14 0.00
221_H 289_G 0.84 0.14 0.00
132_R 145_A 0.84 0.14 0.00
89_L 285_L 0.84 0.14 0.00
84_M 67_N 0.84 0.13 0.00
197_L 227_K 0.84 0.13 0.00
13_T 212_T 0.84 0.13 0.00
118_A 266_S 0.84 0.13 0.00
62_Y 260_Y 0.84 0.13 0.00
215_E 117_R 0.84 0.13 0.00
156_F 158_T 0.84 0.13 0.00
195_Q 228_A 0.84 0.13 0.00
96_G 282_V 0.84 0.13 0.00
158_L 314_V 0.84 0.13 0.00
55_V 80_G 0.83 0.13 0.00
74_F 290_I 0.83 0.13 0.00
40_Y 282_V 0.83 0.13 0.00
232_P 337_I 0.83 0.13 0.00
157_T 159_R 0.83 0.13 0.00
87_Y 245_L 0.83 0.13 0.00
71_L 110_D 0.83 0.13 0.00
59_W 294_K 0.83 0.13 0.00
17_G 183_L 0.83 0.13 0.00
245_L 106_Y 0.83 0.13 0.00
193_R 29_Y 0.83 0.13 0.00
58_A 154_P 0.83 0.13 0.00
74_F 165_T 0.83 0.13 0.00
66_P 259_G 0.83 0.13 0.00
211_I 226_N 0.83 0.13 0.00
83_V 116_T 0.83 0.13 0.00
83_V 255_V 0.83 0.13 0.00
114_F 112_L 0.83 0.13 0.00
33_E 116_T 0.83 0.13 0.00
63_V 30_T 0.83 0.13 0.00
39_M 75_G 0.83 0.13 0.00
172_V 162_Y 0.83 0.13 0.00
99_H 141_S 0.82 0.13 0.00
101_T 162_Y 0.82 0.13 0.00
108_I 114_I 0.82 0.13 0.00
216_A 222_L 0.82 0.13 0.00
225_A 298_R 0.82 0.13 0.00
11_G 319_A 0.82 0.13 0.00
107_T 254_S 0.82 0.13 0.00
130_P 235_Q 0.82 0.13 0.00
229_E 60_A 0.82 0.13 0.00
47_L 44_F 0.82 0.13 0.00
54_P 270_N 0.82 0.13 0.00
54_P 277_R 0.82 0.13 0.00
102_R 270_N 0.82 0.13 0.00
102_R 277_R 0.82 0.13 0.00
106_N 270_N 0.82 0.13 0.00
106_N 277_R 0.82 0.13 0.00
113_G 270_N 0.82 0.13 0.00
113_G 277_R 0.82 0.13 0.00
116_D 270_N 0.82 0.13 0.00
116_D 277_R 0.82 0.13 0.00
151_P 270_N 0.82 0.13 0.00
151_P 277_R 0.82 0.13 0.00
210_Y 270_N 0.82 0.13 0.00
210_Y 277_R 0.82 0.13 0.00
157_T 330_V 0.82 0.13 0.00
11_G 41_D 0.82 0.13 0.00
225_A 3_K 0.82 0.13 0.00
152_F 58_A 0.82 0.13 0.00
191_E 41_D 0.82 0.13 0.00
155_S 158_T 0.82 0.13 0.00
198_D 158_T 0.82 0.13 0.00
71_L 56_L 0.81 0.12 0.00
107_T 265_G 0.81 0.12 0.00
66_P 255_V 0.81 0.12 0.00
178_W 257_V 0.81 0.12 0.00
143_G 334_V 0.81 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

Page generated in 0.0689 seconds.