GREMLIN.BAKERLAB.org
Powered by OPENSEQ.org
1fft_A_B

Genes: A B A+B
Length: 663 315 932
Sequences: 2537 654 530
Seq/Len: 3.83 2.08 0.57
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.54
2 0.01 0.01 0.54
5 0.01 0.01 0.54
10 0.01 0.01 0.54
20 0.02 0.01 0.54
100 0.02 0.01 0.54
0.09 0.04 0.55
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
372_Q 77_K 2.46 0.97 0.91
405_G 111_T 1.90 0.84 0.64
372_Q 68_K 1.77 0.78 0.53
252_L 94_T 1.76 0.78 0.52
569_E 81_N 1.71 0.74 0.48
389_V 59_I 1.69 0.74 0.46
406_A 44_I 1.64 0.70 0.42
173_Y 182_Q 1.53 0.63 0.33
291_I 169_S 1.50 0.60 0.30
307_R 81_N 1.50 0.60 0.29
426_G 207_S 1.37 0.50 0.21
309_R 178_R 1.36 0.50 0.20
400_L 47_A 1.36 0.49 0.20
353_M 107_T 1.36 0.49 0.20
405_G 110_T 1.35 0.49 0.20
480_T 207_S 1.34 0.48 0.19
446_F 274_F 1.33 0.47 0.18
629_S 266_F 1.32 0.46 0.17
389_V 63_V 1.32 0.46 0.17
356_A 164_K 1.31 0.46 0.17
231_A 266_F 1.30 0.45 0.17
480_T 218_M 1.29 0.43 0.16
623_I 147_I 1.27 0.42 0.14
171_L 100_I 1.26 0.41 0.14
158_V 129_I 1.25 0.41 0.14
584_H 84_H 1.22 0.38 0.12
199_I 118_K 1.19 0.36 0.11
59_I 187_A 1.17 0.35 0.10
173_Y 209_S 1.15 0.33 0.09
120_I 170_V 1.15 0.33 0.09
202_T 277_V 1.14 0.33 0.09
500_S 230_A 1.13 0.32 0.09
59_I 266_F 1.11 0.30 0.08
52_V 169_S 1.10 0.29 0.07
385_I 229_A 1.09 0.29 0.07
357_I 147_I 1.08 0.28 0.07
483_L 206_I 1.07 0.28 0.07
325_V 240_Q 1.07 0.28 0.07
235_A 31_D 1.06 0.27 0.07
630_F 88_V 1.06 0.27 0.07
291_I 153_I 1.06 0.27 0.07
555_V 180_G 1.06 0.27 0.07
592_G 132_V 1.06 0.27 0.07
194_L 210_Y 1.06 0.27 0.07
224_K 131_V 1.05 0.26 0.06
372_Q 87_K 1.04 0.26 0.06
178_G 134_M 1.04 0.26 0.06
342_A 30_L 1.03 0.25 0.06
413_S 218_M 1.02 0.25 0.06
252_L 225_T 1.01 0.24 0.05
466_V 107_T 1.01 0.24 0.05
389_V 118_K 1.00 0.23 0.05
279_I 277_V 1.00 0.23 0.05
347_F 218_M 1.00 0.23 0.05
485_Q 266_F 0.99 0.23 0.05
417_I 150_V 0.99 0.23 0.05
496_M 239_K 0.98 0.23 0.05
469_M 258_S 0.98 0.23 0.05
272_M 209_S 0.98 0.23 0.05
206_I 167_S 0.98 0.22 0.04
372_Q 79_S 0.98 0.22 0.04
635_D 84_H 0.97 0.22 0.04
236_N 211_S 0.96 0.21 0.04
221_T 133_S 0.96 0.21 0.04
35_I 221_K 0.96 0.21 0.04
294_V 227_D 0.96 0.21 0.04
252_L 124_E 0.96 0.21 0.04
208_F 168_N 0.96 0.21 0.04
328_F 33_K 0.96 0.21 0.04
2_F 227_D 0.95 0.21 0.04
374_R 76_A 0.95 0.21 0.04
542_A 128_T 0.95 0.21 0.04
480_T 172_N 0.95 0.20 0.04
1_M 180_G 0.94 0.20 0.04
208_F 281_F 0.94 0.20 0.04
245_I 251_F 0.94 0.20 0.04
311_F 172_N 0.93 0.20 0.04
118_F 206_I 0.93 0.20 0.04
436_M 198_N 0.93 0.20 0.04
561_R 61_M 0.93 0.20 0.04
580_Y 104_A 0.93 0.20 0.04
493_T 133_S 0.93 0.20 0.04
56_R 50_L 0.93 0.20 0.04
480_T 208_A 0.92 0.19 0.04
266_N 187_A 0.92 0.19 0.04
503_V 277_V 0.92 0.19 0.03
118_F 210_Y 0.91 0.19 0.03
8_D 161_V 0.91 0.19 0.03
426_G 172_N 0.91 0.19 0.03
181_Y 170_V 0.90 0.18 0.03
467_A 185_A 0.90 0.18 0.03
361_V 195_L 0.90 0.18 0.03
527_R 253_K 0.90 0.18 0.03
199_I 282_M 0.90 0.18 0.03
516_M 169_S 0.90 0.18 0.03
520_I 127_I 0.89 0.18 0.03
454_K 72_S 0.89 0.18 0.03
176_L 210_Y 0.89 0.18 0.03
476_F 54_V 0.89 0.18 0.03
193_S 86_N 0.89 0.18 0.03
576_K 56_I 0.89 0.18 0.03
37_Y 277_V 0.88 0.17 0.03
623_I 199_E 0.88 0.17 0.03
104_T 50_L 0.88 0.17 0.03
402_A 146_G 0.88 0.17 0.03
215_M 218_M 0.88 0.17 0.03
386_G 228_R 0.88 0.17 0.03
34_L 68_K 0.87 0.17 0.03
607_I 213_P 0.87 0.17 0.03
238_L 141_I 0.87 0.17 0.03
204_T 35_Q 0.87 0.17 0.03
281_A 172_N 0.87 0.17 0.03
340_A 117_S 0.86 0.17 0.03
572_E 222_A 0.86 0.16 0.03
114_V 159_T 0.86 0.16 0.03
120_I 118_K 0.86 0.16 0.03
407_D 193_L 0.86 0.16 0.03
192_W 116_P 0.86 0.16 0.03
255_L 145_Q 0.86 0.16 0.03
593_I 235_V 0.86 0.16 0.03
594_V 40_Q 0.85 0.16 0.03
536_G 121_A 0.85 0.16 0.03
37_Y 173_S 0.85 0.16 0.03
151_V 94_T 0.85 0.16 0.03
222_M 274_F 0.85 0.16 0.03
409_V 92_V 0.85 0.16 0.02
328_F 122_H 0.84 0.16 0.02
510_L 187_A 0.84 0.16 0.02
301_I 108_W 0.84 0.16 0.02
413_S 207_S 0.84 0.15 0.02
199_I 104_A 0.84 0.15 0.02
455_R 266_F 0.83 0.15 0.02
476_F 40_Q 0.83 0.15 0.02
472_Y 57_P 0.83 0.15 0.02
253_L 57_P 0.83 0.15 0.02
78_M 88_V 0.83 0.15 0.02
596_A 284_H 0.83 0.15 0.02
409_V 181_S 0.83 0.15 0.02
617_G 113_A 0.83 0.15 0.02
413_S 172_N 0.83 0.15 0.02
156_V 36_I 0.83 0.15 0.02
495_L 178_R 0.83 0.15 0.02
173_Y 173_S 0.83 0.15 0.02
576_K 98_L 0.83 0.15 0.02
56_R 131_V 0.82 0.15 0.02
325_V 131_V 0.82 0.15 0.02
259_L 180_G 0.82 0.15 0.02
37_Y 68_K 0.82 0.15 0.02
543_T 235_V 0.82 0.15 0.02
600_T 30_L 0.82 0.15 0.02
59_I 182_Q 0.82 0.15 0.02
357_I 28_A 0.82 0.15 0.02
46_K 256_A 0.82 0.15 0.02
607_I 233_Q 0.82 0.15 0.02
388_I 278_I 0.81 0.14 0.02
223_F 178_R 0.81 0.14 0.02
190_W 185_A 0.81 0.14 0.02
623_I 36_I 0.81 0.14 0.02
368_F 218_M 0.81 0.14 0.02
102_I 19_T 0.81 0.14 0.02
452_W 170_V 0.81 0.14 0.02
512_L 219_K 0.81 0.14 0.02
424_I 110_T 0.81 0.14 0.02
607_I 202_T 0.81 0.14 0.02
508_G 56_I 0.81 0.14 0.02
174_P 219_K 0.80 0.14 0.02
480_T 211_S 0.80 0.14 0.02
403_V 50_L 0.80 0.14 0.02
393_V 147_I 0.80 0.14 0.02
279_I 100_I 0.80 0.14 0.02
388_I 30_L 0.80 0.14 0.02
202_T 145_Q 0.80 0.14 0.02
291_I 236_A 0.80 0.14 0.02
438_Y 240_Q 0.80 0.14 0.02
57_L 256_A 0.80 0.14 0.02
221_T 45_L 0.80 0.14 0.02
206_I 146_G 0.80 0.14 0.02
606_M 286_K 0.80 0.14 0.02
374_R 30_L 0.80 0.14 0.02
202_T 149_T 0.79 0.14 0.02
212_I 185_A 0.79 0.14 0.02
192_W 93_W 0.79 0.14 0.02
51_S 18_G 0.79 0.14 0.02
363_I 131_V 0.79 0.14 0.02
561_R 94_T 0.79 0.14 0.02
51_S 187_A 0.79 0.14 0.02
35_I 129_I 0.79 0.14 0.02
351_T 159_T 0.79 0.14 0.02
624_T 153_I 0.79 0.13 0.02
429_V 110_T 0.79 0.13 0.02
512_L 127_I 0.79 0.13 0.02
209_F 104_A 0.78 0.13 0.02
202_T 100_I 0.78 0.13 0.02
612_W 170_V 0.78 0.13 0.02
594_V 278_I 0.78 0.13 0.02
376_V 246_S 0.78 0.13 0.02
260_G 72_S 0.78 0.13 0.02
653_E 149_T 0.78 0.13 0.02
112_F 210_Y 0.78 0.13 0.02
231_A 92_V 0.78 0.13 0.02
252_L 154_A 0.78 0.13 0.02
260_G 230_A 0.78 0.13 0.02
250_V 191_T 0.78 0.13 0.02
521_R 167_S 0.78 0.13 0.02
2_F 144_E 0.78 0.13 0.02
188_D 116_P 0.78 0.13 0.02
535_G 26_N 0.78 0.13 0.02
616_V 277_V 0.78 0.13 0.02
351_T 39_E 0.78 0.13 0.02
10_V 37_G 0.77 0.13 0.02
511_C 129_I 0.77 0.13 0.02
363_I 176_I 0.77 0.13 0.02
655_T 266_F 0.77 0.13 0.02
150_V 36_I 0.77 0.13 0.02
454_K 100_I 0.77 0.13 0.02
454_K 15_L 0.77 0.13 0.02
484_S 216_S 0.77 0.13 0.02
535_G 258_S 0.77 0.13 0.02
59_I 105_V 0.77 0.13 0.02
365_N 218_M 0.77 0.13 0.02
173_Y 185_A 0.77 0.13 0.02
623_I 235_V 0.77 0.13 0.02
187_V 174_F 0.77 0.13 0.02
370_M 231_F 0.76 0.13 0.02
624_T 194_H 0.76 0.13 0.02
144_L 36_I 0.76 0.13 0.02
59_I 56_I 0.76 0.13 0.02
291_I 174_F 0.76 0.13 0.02
638_V 92_V 0.76 0.13 0.02
319_A 116_P 0.76 0.13 0.02
184_G 135_D 0.76 0.13 0.02
224_K 94_T 0.76 0.12 0.02
39_G 146_G 0.76 0.12 0.02
346_A 108_W 0.76 0.12 0.02
181_Y 169_S 0.76 0.12 0.02
344_V 218_M 0.76 0.12 0.02
196_L 277_V 0.76 0.12 0.02
361_V 197_A 0.76 0.12 0.01
605_A 235_V 0.76 0.12 0.01
171_L 207_S 0.76 0.12 0.01
250_V 37_G 0.76 0.12 0.01
146_F 208_A 0.76 0.12 0.01
377_F 258_S 0.76 0.12 0.01
562_D 147_I 0.76 0.12 0.01
638_V 227_D 0.75 0.12 0.01
615_I 257_P 0.75 0.12 0.01
89_G 36_I 0.75 0.12 0.01
109_I 161_V 0.75 0.12 0.01
320_T 115_E 0.75 0.12 0.01
349_G 115_E 0.75 0.12 0.01
328_F 195_L 0.75 0.12 0.01
514_I 68_K 0.75 0.12 0.01
648_N 153_I 0.75 0.12 0.01
56_R 74_K 0.75 0.12 0.01
191_I 158_N 0.75 0.12 0.01
555_V 97_I 0.75 0.12 0.01
189_Y 214_G 0.75 0.12 0.01
144_L 35_Q 0.75 0.12 0.01
587_K 272_D 0.75 0.12 0.01
329_I 104_A 0.75 0.12 0.01
184_G 46_T 0.75 0.12 0.01
368_F 63_V 0.75 0.12 0.01
74_A 67_W 0.75 0.12 0.01
322_C 30_L 0.75 0.12 0.01
560_E 21_L 0.75 0.12 0.01
315_S 284_H 0.74 0.12 0.01
590_G 149_T 0.74 0.12 0.01
383_W 218_M 0.74 0.12 0.01
197_S 281_F 0.74 0.12 0.01
479_M 196_I 0.74 0.12 0.01
26_L 267_S 0.74 0.12 0.01
620_G 202_T 0.74 0.12 0.01
403_V 110_T 0.74 0.12 0.01
148_F 92_V 0.74 0.12 0.01
476_F 267_S 0.74 0.12 0.01
56_R 105_V 0.74 0.12 0.01
569_E 64_G 0.74 0.12 0.01
62_I 240_Q 0.74 0.12 0.01
486_Q 180_G 0.74 0.12 0.01
73_F 65_F 0.74 0.12 0.01
8_D 40_Q 0.74 0.12 0.01
307_R 91_V 0.74 0.12 0.01
327_S 54_V 0.74 0.12 0.01
508_G 151_N 0.74 0.12 0.01
93_F 223_I 0.74 0.12 0.01
298_F 81_N 0.73 0.12 0.01
237_V 231_F 0.73 0.12 0.01
161_G 39_E 0.73 0.12 0.01
515_Q 134_M 0.73 0.12 0.01
100_D 210_Y 0.73 0.12 0.01
606_M 274_F 0.73 0.12 0.01
405_G 43_L 0.73 0.12 0.01
69_L 100_I 0.73 0.12 0.01
42_T 48_F 0.73 0.12 0.01
221_T 150_V 0.73 0.12 0.01
209_F 216_S 0.73 0.12 0.01
605_A 65_F 0.73 0.12 0.01
88_A 240_Q 0.73 0.11 0.01
105_A 218_M 0.73 0.11 0.01
235_A 159_T 0.73 0.11 0.01
599_S 215_F 0.73 0.11 0.01
422_N 93_W 0.73 0.11 0.01
248_V 126_P 0.73 0.11 0.01
436_M 206_I 0.73 0.11 0.01
491_F 88_V 0.73 0.11 0.01
26_L 253_K 0.73 0.11 0.01
178_G 53_I 0.73 0.11 0.01
385_I 176_I 0.73 0.11 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

Page generated in 0.0511 seconds.