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C D

Genes: A B A+B
Length: 250 246 451
Sequences: 66 77 60
Seq/Len: 0.26 0.31 0.13
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.80
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.12
2 0.01 0.00 0.12
5 0.01 0.00 0.12
10 0.01 0.00 0.12
20 0.01 0.00 0.12
100 0.01 0.00 0.12
0.01 0.00 0.12
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
126_Q 145_V 1.64 0.30 0.00
211_A 63_R 1.62 0.29 0.00
65_G 137_I 1.47 0.23 0.00
207_S 132_A 1.43 0.21 0.00
138_S 45_A 1.43 0.21 0.00
50_S 86_R 1.37 0.19 0.00
146_V 63_R 1.36 0.19 0.00
101_D 107_D 1.36 0.19 0.00
232_T 170_D 1.35 0.19 0.00
38_G 71_K 1.35 0.19 0.00
201_N 67_L 1.32 0.18 0.00
208_A 223_K 1.30 0.17 0.00
50_S 53_F 1.29 0.17 0.00
79_A 90_W 1.28 0.17 0.00
21_A 207_K 1.26 0.16 0.00
146_V 92_D 1.23 0.15 0.00
133_N 45_A 1.22 0.15 0.00
62_N 124_Y 1.22 0.15 0.00
171_A 137_I 1.21 0.14 0.00
12_F 178_V 1.20 0.14 0.00
66_A 52_I 1.20 0.14 0.00
106_F 107_D 1.19 0.14 0.00
40_V 39_G 1.18 0.14 0.00
235_S 218_L 1.17 0.14 0.00
158_L 246_F 1.15 0.13 0.00
96_T 147_I 1.15 0.13 0.00
127_N 61_E 1.15 0.13 0.00
107_A 57_E 1.15 0.13 0.00
160_I 178_V 1.14 0.13 0.00
43_A 197_V 1.13 0.13 0.00
90_D 90_W 1.13 0.13 0.00
224_G 244_D 1.13 0.12 0.00
177_V 174_I 1.13 0.12 0.00
3_P 208_A 1.12 0.12 0.00
182_H 43_I 1.11 0.12 0.00
134_S 205_Y 1.11 0.12 0.00
63_N 86_R 1.10 0.12 0.00
44_V 63_R 1.08 0.12 0.00
137_N 113_T 1.08 0.12 0.00
115_S 164_M 1.08 0.11 0.00
66_A 37_W 1.08 0.11 0.00
97_S 210_A 1.08 0.11 0.00
131_L 92_D 1.07 0.11 0.00
117_D 80_A 1.07 0.11 0.00
79_A 94_D 1.07 0.11 0.00
86_G 98_V 1.07 0.11 0.00
54_K 170_D 1.07 0.11 0.00
226_Q 132_A 1.06 0.11 0.00
172_S 98_V 1.06 0.11 0.00
200_N 124_Y 1.06 0.11 0.00
204_L 246_F 1.06 0.11 0.00
171_A 64_F 1.05 0.11 0.00
166_K 138_G 1.05 0.11 0.00
61_L 86_R 1.05 0.11 0.00
18_M 130_M 1.04 0.10 0.00
165_G 48_G 1.03 0.10 0.00
192_S 69_E 1.03 0.10 0.00
158_L 126_E 1.03 0.10 0.00
136_N 236_M 1.03 0.10 0.00
199_V 94_D 1.03 0.10 0.00
148_A 36_S 1.02 0.10 0.00
81_I 67_L 1.01 0.10 0.00
18_M 123_R 1.01 0.10 0.00
105_V 223_K 1.01 0.10 0.00
204_L 138_G 1.01 0.10 0.00
234_G 98_V 1.01 0.10 0.00
203_G 42_A 1.01 0.10 0.00
200_N 89_Y 1.00 0.10 0.00
138_S 155_I 1.00 0.10 0.00
170_A 103_L 1.00 0.10 0.00
64_A 154_E 1.00 0.10 0.00
217_V 141_T 1.00 0.10 0.00
172_S 147_I 1.00 0.10 0.00
171_A 143_L 0.99 0.10 0.00
132_N 245_F 0.99 0.10 0.00
17_L 153_V 0.99 0.10 0.00
8_K 92_D 0.98 0.10 0.00
105_V 199_A 0.98 0.10 0.00
200_N 131_R 0.98 0.09 0.00
208_A 199_A 0.98 0.09 0.00
127_N 151_V 0.97 0.09 0.00
178_S 197_V 0.97 0.09 0.00
118_N 163_V 0.97 0.09 0.00
165_G 128_I 0.96 0.09 0.00
134_S 114_Q 0.96 0.09 0.00
144_V 212_L 0.96 0.09 0.00
14_L 94_D 0.96 0.09 0.00
55_F 231_G 0.96 0.09 0.00
107_A 62_R 0.96 0.09 0.00
123_K 237_D 0.96 0.09 0.00
215_I 63_R 0.96 0.09 0.00
124_G 153_V 0.95 0.09 0.00
207_S 245_F 0.95 0.09 0.00
73_S 155_I 0.95 0.09 0.00
184_L 109_D 0.95 0.09 0.00
160_I 87_Q 0.95 0.09 0.00
41_A 216_T 0.95 0.09 0.00
183_F 146_K 0.95 0.09 0.00
178_S 185_S 0.95 0.09 0.00
191_H 170_D 0.95 0.09 0.00
15_A 60_R 0.95 0.09 0.00
109_A 143_L 0.95 0.09 0.00
86_G 246_F 0.94 0.09 0.00
234_G 63_R 0.94 0.09 0.00
236_G 65_A 0.94 0.09 0.00
97_S 167_A 0.94 0.09 0.00
215_I 181_N 0.94 0.09 0.00
45_T 222_T 0.94 0.09 0.00
221_A 125_L 0.94 0.09 0.00
144_V 132_A 0.94 0.09 0.00
126_Q 186_R 0.94 0.09 0.00
215_I 53_F 0.94 0.09 0.00
14_L 109_D 0.93 0.09 0.00
124_G 223_K 0.93 0.09 0.00
83_A 107_D 0.93 0.09 0.00
231_L 63_R 0.93 0.09 0.00
160_I 207_K 0.93 0.09 0.00
21_A 87_Q 0.93 0.08 0.00
95_I 200_V 0.93 0.08 0.00
221_A 68_V 0.92 0.08 0.00
125_T 215_P 0.92 0.08 0.00
183_F 91_L 0.92 0.08 0.00
212_S 88_A 0.92 0.08 0.00
55_F 44_S 0.92 0.08 0.00
210_N 190_L 0.92 0.08 0.00
185_N 68_V 0.92 0.08 0.00
70_L 153_V 0.92 0.08 0.00
137_N 149_V 0.92 0.08 0.00
50_S 164_M 0.91 0.08 0.00
21_A 90_W 0.91 0.08 0.00
106_F 198_F 0.91 0.08 0.00
158_L 170_D 0.91 0.08 0.00
26_P 98_V 0.91 0.08 0.00
223_A 181_N 0.91 0.08 0.00
158_L 188_D 0.91 0.08 0.00
25_G 222_T 0.91 0.08 0.00
217_V 44_S 0.91 0.08 0.00
172_S 185_S 0.91 0.08 0.00
96_T 57_E 0.90 0.08 0.00
168_V 154_E 0.90 0.08 0.00
91_N 157_G 0.90 0.08 0.00
91_N 179_L 0.90 0.08 0.00
199_V 130_M 0.90 0.08 0.00
14_L 80_A 0.90 0.08 0.00
65_G 231_G 0.90 0.08 0.00
144_V 181_N 0.90 0.08 0.00
53_N 61_E 0.90 0.08 0.00
125_T 190_L 0.90 0.08 0.00
158_L 45_A 0.90 0.08 0.00
188_S 110_L 0.90 0.08 0.00
74_K 234_E 0.90 0.08 0.00
133_N 222_T 0.90 0.08 0.00
97_S 44_S 0.89 0.08 0.00
96_T 54_K 0.89 0.08 0.00
164_D 109_D 0.89 0.08 0.00
180_D 46_M 0.89 0.08 0.00
125_T 93_V 0.89 0.08 0.00
90_D 44_S 0.89 0.08 0.00
171_A 69_E 0.89 0.08 0.00
221_A 223_K 0.89 0.08 0.00
132_N 181_N 0.89 0.08 0.00
97_S 203_E 0.89 0.08 0.00
19_A 221_K 0.89 0.08 0.00
102_A 50_A 0.89 0.08 0.00
198_V 175_G 0.89 0.08 0.00
235_S 141_T 0.89 0.08 0.00
70_L 154_E 0.89 0.08 0.00
236_G 218_L 0.89 0.08 0.00
121_T 153_V 0.89 0.08 0.00
93_A 35_P 0.88 0.08 0.00
107_A 46_M 0.88 0.08 0.00
94_A 85_L 0.88 0.08 0.00
226_Q 112_R 0.88 0.08 0.00
232_T 212_L 0.88 0.08 0.00
131_L 166_R 0.88 0.08 0.00
107_A 80_A 0.88 0.08 0.00
191_H 96_E 0.88 0.08 0.00
230_T 82_A 0.88 0.08 0.00
42_A 102_M 0.88 0.08 0.00
44_V 153_V 0.88 0.08 0.00
130_L 37_W 0.88 0.08 0.00
97_S 121_M 0.87 0.08 0.00
38_G 147_I 0.87 0.08 0.00
102_A 138_G 0.87 0.08 0.00
196_Q 149_V 0.87 0.08 0.00
224_G 127_S 0.87 0.08 0.00
20_V 141_T 0.87 0.08 0.00
201_N 140_D 0.87 0.07 0.00
61_L 66_N 0.87 0.07 0.00
224_G 237_D 0.86 0.07 0.00
19_A 128_I 0.86 0.07 0.00
46_D 132_A 0.86 0.07 0.00
90_D 108_Q 0.86 0.07 0.00
153_Q 132_A 0.86 0.07 0.00
190_K 91_L 0.86 0.07 0.00
163_A 201_L 0.86 0.07 0.00
210_N 109_D 0.86 0.07 0.00
125_T 147_I 0.86 0.07 0.00
1_M 181_N 0.86 0.07 0.00
59_K 181_N 0.86 0.07 0.00
62_N 107_D 0.85 0.07 0.00
221_A 62_R 0.85 0.07 0.00
1_M 128_I 0.85 0.07 0.00
125_T 187_D 0.85 0.07 0.00
205_L 170_D 0.85 0.07 0.00
21_A 174_I 0.85 0.07 0.00
211_A 71_K 0.85 0.07 0.00
55_F 175_G 0.85 0.07 0.00
115_S 207_K 0.85 0.07 0.00
17_L 46_M 0.85 0.07 0.00
56_D 128_I 0.85 0.07 0.00
186_E 174_I 0.84 0.07 0.00
176_Q 126_E 0.84 0.07 0.00
122_N 47_P 0.84 0.07 0.00
88_Q 204_G 0.84 0.07 0.00
49_V 222_T 0.84 0.07 0.00
193_Y 41_M 0.84 0.07 0.00
2_K 181_N 0.84 0.07 0.00
161_V 52_I 0.84 0.07 0.00
40_V 223_K 0.84 0.07 0.00
102_A 184_L 0.84 0.07 0.00
4_T 94_D 0.84 0.07 0.00
185_N 122_K 0.84 0.07 0.00
69_S 132_A 0.83 0.07 0.00
109_A 86_R 0.83 0.07 0.00
219_V 197_V 0.83 0.07 0.00
14_L 97_H 0.83 0.07 0.00
135_A 178_V 0.83 0.07 0.00
52_D 139_P 0.83 0.07 0.00
11_V 228_R 0.83 0.07 0.00
159_A 85_L 0.83 0.07 0.00
226_Q 215_P 0.83 0.07 0.00
117_D 110_L 0.83 0.07 0.00
182_H 141_T 0.83 0.07 0.00
62_N 152_L 0.83 0.07 0.00
204_L 153_V 0.83 0.07 0.00
91_N 239_G 0.83 0.07 0.00
150_Q 69_E 0.83 0.07 0.00
119_K 37_W 0.83 0.07 0.00
170_A 159_K 0.83 0.07 0.00
19_A 210_A 0.83 0.07 0.00
122_N 135_Y 0.83 0.07 0.00
21_A 145_V 0.83 0.07 0.00
104_T 201_L 0.82 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
7916 0.42 C D jackhammer Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared
7908 0.13 C D Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared

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