GREMLIN.BAKERLAB.org
Powered by OPENSEQ.org
D E jackhammer

Genes: A B A+B
Length: 246 254 474
Sequences: 302 256 211
Seq/Len: 1.23 1.01 0.45
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.95
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.42
2 0.00 0.00 0.42
5 0.00 0.00 0.42
10 0.00 0.00 0.42
20 0.00 0.00 0.42
100 0.00 0.00 0.42
0.01 0.00 0.42
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
78_A 56_F 1.80 0.73 0.01
80_A 62_T 1.63 0.63 0.01
237_D 135_A 1.56 0.57 0.01
63_R 164_G 1.52 0.55 0.01
182_K 186_M 1.51 0.54 0.01
102_M 197_A 1.48 0.52 0.01
99_I 113_G 1.44 0.49 0.01
56_V 163_G 1.41 0.46 0.01
237_D 212_L 1.38 0.44 0.01
221_K 102_N 1.37 0.44 0.01
25_T 27_A 1.36 0.43 0.01
80_A 155_Q 1.34 0.41 0.00
87_Q 127_R 1.34 0.41 0.00
187_D 182_G 1.33 0.41 0.00
106_A 24_A 1.31 0.39 0.00
244_D 131_D 1.31 0.39 0.00
118_M 43_L 1.30 0.38 0.00
108_Q 201_I 1.29 0.38 0.00
44_S 101_T 1.29 0.38 0.00
44_S 51_G 1.29 0.38 0.00
67_L 68_A 1.27 0.36 0.00
150_V 210_T 1.26 0.36 0.00
217_P 48_V 1.25 0.34 0.00
24_A 14_T 1.24 0.34 0.00
174_I 17_C 1.24 0.34 0.00
201_L 53_I 1.23 0.34 0.00
103_L 175_V 1.23 0.33 0.00
83_T 64_W 1.23 0.33 0.00
145_V 223_T 1.22 0.33 0.00
101_G 57_G 1.21 0.32 0.00
121_M 190_A 1.21 0.32 0.00
133_R 195_G 1.20 0.32 0.00
232_D 113_G 1.20 0.32 0.00
63_R 58_I 1.19 0.31 0.00
175_G 128_A 1.19 0.31 0.00
165_Q 127_R 1.19 0.30 0.00
56_V 201_I 1.19 0.30 0.00
244_D 212_L 1.18 0.30 0.00
240_F 57_G 1.18 0.30 0.00
104_V 53_I 1.18 0.30 0.00
109_D 24_A 1.18 0.30 0.00
150_V 159_A 1.17 0.30 0.00
178_V 49_M 1.17 0.29 0.00
150_V 47_F 1.17 0.29 0.00
56_V 187_A 1.16 0.29 0.00
68_V 64_W 1.16 0.29 0.00
106_A 78_M 1.16 0.29 0.00
60_R 106_G 1.15 0.28 0.00
107_D 44_R 1.15 0.28 0.00
146_K 186_M 1.14 0.28 0.00
131_R 204_G 1.13 0.27 0.00
48_G 188_I 1.12 0.26 0.00
235_L 57_G 1.11 0.26 0.00
80_A 111_V 1.11 0.26 0.00
33_A 20_A 1.11 0.26 0.00
98_V 193_N 1.11 0.26 0.00
100_K 65_T 1.11 0.26 0.00
108_Q 19_A 1.11 0.26 0.00
98_V 57_G 1.10 0.26 0.00
244_D 129_A 1.10 0.25 0.00
147_I 206_V 1.10 0.25 0.00
170_D 86_T 1.10 0.25 0.00
178_V 242_N 1.10 0.25 0.00
109_D 196_N 1.09 0.25 0.00
118_M 91_V 1.09 0.25 0.00
72_T 57_G 1.09 0.25 0.00
188_D 89_F 1.09 0.25 0.00
28_L 171_A 1.08 0.24 0.00
219_T 183_G 1.08 0.24 0.00
57_E 74_V 1.08 0.24 0.00
27_C 102_N 1.08 0.24 0.00
188_D 77_N 1.08 0.24 0.00
118_M 82_S 1.07 0.24 0.00
28_L 169_E 1.07 0.24 0.00
236_M 227_V 1.06 0.23 0.00
32_L 20_A 1.05 0.23 0.00
86_R 206_V 1.05 0.23 0.00
80_A 175_V 1.05 0.23 0.00
216_T 123_T 1.05 0.23 0.00
145_V 105_P 1.05 0.23 0.00
81_L 210_T 1.05 0.23 0.00
106_A 109_T 1.04 0.22 0.00
214_P 34_E 1.04 0.22 0.00
234_E 129_A 1.03 0.22 0.00
36_S 78_M 1.03 0.22 0.00
219_T 76_A 1.03 0.22 0.00
151_V 205_N 1.03 0.21 0.00
158_Y 246_L 1.03 0.21 0.00
172_V 167_T 1.03 0.21 0.00
103_L 202_G 1.02 0.21 0.00
196_I 205_N 1.02 0.21 0.00
154_E 233_G 1.02 0.21 0.00
125_L 58_I 1.02 0.21 0.00
210_A 200_Q 1.02 0.21 0.00
165_Q 190_A 1.02 0.21 0.00
26_L 100_G 1.02 0.21 0.00
114_Q 246_L 1.01 0.21 0.00
151_V 135_A 1.01 0.21 0.00
107_D 58_I 1.01 0.21 0.00
56_V 182_G 1.01 0.21 0.00
49_G 195_G 1.01 0.20 0.00
212_L 11_R 1.01 0.20 0.00
135_Y 193_N 1.01 0.20 0.00
218_L 26_A 1.01 0.20 0.00
233_A 129_A 1.01 0.20 0.00
188_D 23_P 1.00 0.20 0.00
201_L 230_G 1.00 0.20 0.00
127_S 38_A 1.00 0.20 0.00
66_N 110_V 1.00 0.20 0.00
196_I 46_R 1.00 0.20 0.00
62_R 108_G 0.99 0.20 0.00
128_I 151_A 0.99 0.20 0.00
33_A 206_V 0.99 0.20 0.00
46_M 58_I 0.99 0.20 0.00
84_I 193_N 0.99 0.20 0.00
219_T 227_V 0.99 0.20 0.00
63_R 204_G 0.99 0.20 0.00
224_M 202_G 0.99 0.20 0.00
232_D 116_L 0.99 0.20 0.00
153_V 166_F 0.98 0.19 0.00
86_R 84_T 0.98 0.19 0.00
205_Y 173_G 0.98 0.19 0.00
39_G 236_A 0.98 0.19 0.00
78_A 44_R 0.98 0.19 0.00
32_L 158_H 0.98 0.19 0.00
223_K 214_G 0.98 0.19 0.00
67_L 16_L 0.97 0.19 0.00
135_Y 57_G 0.97 0.19 0.00
214_P 57_G 0.97 0.19 0.00
128_I 77_N 0.96 0.18 0.00
78_A 57_G 0.96 0.18 0.00
58_S 56_F 0.96 0.18 0.00
182_K 61_S 0.96 0.18 0.00
43_I 70_D 0.96 0.18 0.00
72_T 116_L 0.96 0.18 0.00
36_S 196_N 0.96 0.18 0.00
210_A 230_G 0.96 0.18 0.00
188_D 88_Q 0.96 0.18 0.00
188_D 176_S 0.95 0.18 0.00
235_L 44_R 0.95 0.18 0.00
109_D 20_A 0.95 0.18 0.00
168_E 47_F 0.95 0.18 0.00
151_V 50_P 0.95 0.18 0.00
24_A 15_A 0.95 0.18 0.00
88_A 9_T 0.95 0.18 0.00
243_S 79_H 0.95 0.18 0.00
80_A 119_G 0.95 0.18 0.00
59_I 205_N 0.94 0.18 0.00
118_M 120_Q 0.94 0.17 0.00
132_A 127_R 0.94 0.17 0.00
111_V 62_T 0.94 0.17 0.00
64_F 117_G 0.94 0.17 0.00
154_E 168_T 0.94 0.17 0.00
221_K 101_T 0.94 0.17 0.00
132_A 197_A 0.93 0.17 0.00
122_K 129_A 0.93 0.17 0.00
49_G 64_W 0.93 0.17 0.00
132_A 217_N 0.93 0.17 0.00
89_Y 195_G 0.93 0.17 0.00
155_I 215_N 0.92 0.17 0.00
153_V 188_I 0.92 0.17 0.00
150_V 118_S 0.92 0.17 0.00
200_V 157_G 0.92 0.17 0.00
173_Y 72_S 0.92 0.16 0.00
63_R 219_V 0.92 0.16 0.00
140_D 151_A 0.91 0.16 0.00
66_N 139_V 0.91 0.16 0.00
245_F 76_A 0.91 0.16 0.00
55_K 117_G 0.91 0.16 0.00
173_Y 173_G 0.91 0.16 0.00
212_L 82_S 0.91 0.16 0.00
244_D 88_Q 0.91 0.16 0.00
181_N 127_R 0.91 0.16 0.00
96_E 16_L 0.91 0.16 0.00
34_G 21_S 0.90 0.16 0.00
220_A 143_V 0.90 0.16 0.00
109_D 32_P 0.90 0.16 0.00
138_G 225_L 0.90 0.16 0.00
243_S 173_G 0.90 0.16 0.00
155_I 182_G 0.90 0.16 0.00
66_N 47_F 0.90 0.16 0.00
36_S 148_L 0.90 0.16 0.00
80_A 214_G 0.90 0.16 0.00
229_P 123_T 0.89 0.15 0.00
35_P 158_H 0.89 0.15 0.00
172_V 237_G 0.89 0.15 0.00
37_W 86_T 0.89 0.15 0.00
136_K 39_E 0.89 0.15 0.00
72_T 44_R 0.89 0.15 0.00
82_A 57_G 0.89 0.15 0.00
188_D 224_Q 0.89 0.15 0.00
215_P 217_N 0.89 0.15 0.00
121_M 141_I 0.89 0.15 0.00
36_S 235_N 0.89 0.15 0.00
67_L 222_M 0.89 0.15 0.00
109_D 25_Y 0.89 0.15 0.00
41_M 193_N 0.88 0.15 0.00
30_L 104_D 0.88 0.15 0.00
147_I 39_E 0.88 0.15 0.00
25_T 16_L 0.88 0.15 0.00
22_R 20_A 0.88 0.15 0.00
99_I 230_G 0.88 0.15 0.00
125_L 65_T 0.88 0.15 0.00
99_I 55_S 0.88 0.15 0.00
35_P 24_A 0.88 0.15 0.00
103_L 47_F 0.88 0.15 0.00
63_R 144_S 0.88 0.15 0.00
51_V 163_G 0.88 0.15 0.00
198_F 243_L 0.88 0.15 0.00
41_M 105_P 0.88 0.15 0.00
55_K 105_P 0.87 0.15 0.00
244_D 116_L 0.87 0.15 0.00
121_M 118_S 0.87 0.15 0.00
170_D 17_C 0.87 0.15 0.00
225_N 177_V 0.87 0.15 0.00
201_L 50_P 0.87 0.15 0.00
190_L 24_A 0.87 0.15 0.00
52_I 105_P 0.87 0.15 0.00
102_M 90_Y 0.87 0.15 0.00
175_G 50_P 0.87 0.15 0.00
197_V 192_N 0.87 0.15 0.00
67_L 159_A 0.87 0.14 0.00
24_A 134_T 0.87 0.14 0.00
202_G 177_V 0.86 0.14 0.00
137_I 28_S 0.86 0.14 0.00
140_D 206_V 0.86 0.14 0.00
57_E 110_V 0.86 0.14 0.00
128_I 176_S 0.86 0.14 0.00
51_V 235_N 0.86 0.14 0.00
197_V 35_M 0.86 0.14 0.00
154_E 254_Y 0.86 0.14 0.00
225_N 42_E 0.86 0.14 0.00
124_Y 44_R 0.86 0.14 0.00
33_A 135_A 0.86 0.14 0.00
194_N 223_T 0.86 0.14 0.00
147_I 70_D 0.86 0.14 0.00
49_G 69_G 0.86 0.14 0.00
124_Y 39_E 0.86 0.14 0.00
98_V 44_R 0.86 0.14 0.00
172_V 106_G 0.85 0.14 0.00
74_F 145_E 0.85 0.14 0.00
85_L 127_R 0.85 0.14 0.00
53_F 67_A 0.85 0.14 0.00
225_N 205_N 0.85 0.14 0.00
92_D 36_S 0.85 0.14 0.00
132_A 211_V 0.85 0.14 0.00
101_G 46_R 0.85 0.14 0.00
99_I 195_G 0.85 0.14 0.00
109_D 65_T 0.85 0.14 0.00
190_L 214_G 0.85 0.14 0.00
150_V 166_F 0.85 0.14 0.00
188_D 17_C 0.85 0.14 0.00
138_G 41_A 0.85 0.14 0.00
105_N 65_T 0.85 0.14 0.00
237_D 96_S 0.84 0.14 0.00
187_D 163_G 0.84 0.14 0.00
223_K 141_I 0.84 0.14 0.00
32_L 28_S 0.84 0.14 0.00
29_L 238_A 0.84 0.14 0.00
40_Q 174_R 0.84 0.14 0.00
98_V 56_F 0.84 0.14 0.00
125_L 35_M 0.84 0.14 0.00
45_A 254_Y 0.84 0.13 0.00
137_I 25_Y 0.84 0.13 0.00
140_D 117_G 0.84 0.13 0.00
103_L 67_A 0.84 0.13 0.00
66_N 39_E 0.84 0.13 0.00
24_A 29_A 0.83 0.13 0.00
212_L 184_V 0.83 0.13 0.00
91_L 184_V 0.83 0.13 0.00
236_M 127_R 0.83 0.13 0.00
200_V 206_V 0.83 0.13 0.00
47_P 245_Q 0.83 0.13 0.00
100_K 169_E 0.83 0.13 0.00
245_F 73_T 0.83 0.13 0.00
51_V 46_R 0.83 0.13 0.00
30_L 177_V 0.83 0.13 0.00
83_T 56_F 0.83 0.13 0.00
46_M 34_E 0.83 0.13 0.00
235_L 87_P 0.83 0.13 0.00
145_V 236_A 0.83 0.13 0.00
118_M 210_T 0.83 0.13 0.00
175_G 127_R 0.83 0.13 0.00
192_G 168_T 0.83 0.13 0.00
223_K 43_L 0.83 0.13 0.00
137_I 97_V 0.83 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
7910 0.45 D E jackhammer Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.01 Done - Shared
7907 0.16 F E Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done

Page generated in 0.049 seconds.