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D F jackammer

Genes: A B A+B
Length: 246 406 602
Sequences: 77 91 72
Seq/Len: 0.31 0.22 0.12
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.94
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.10
5 0.00 0.00 0.11
10 0.00 0.00 0.11
20 0.00 0.00 0.11
100 0.00 0.00 0.11
0.00 0.00 0.11
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
118_M 386_A 1.77 0.34 0.00
170_D 365_G 1.62 0.28 0.00
174_I 319_F 1.52 0.24 0.00
107_D 395_D 1.52 0.24 0.00
181_N 147_A 1.43 0.20 0.00
126_E 189_P 1.39 0.19 0.00
89_Y 393_A 1.38 0.19 0.00
204_G 197_V 1.38 0.19 0.00
188_D 333_M 1.37 0.18 0.00
49_G 16_L 1.37 0.18 0.00
80_A 295_S 1.34 0.18 0.00
156_R 148_D 1.33 0.17 0.00
128_I 162_N 1.32 0.17 0.00
84_I 27_L 1.30 0.16 0.00
137_I 294_D 1.30 0.16 0.00
105_N 87_E 1.29 0.16 0.00
80_A 180_Q 1.28 0.16 0.00
131_R 124_L 1.28 0.16 0.00
86_R 352_G 1.28 0.16 0.00
244_D 119_Y 1.27 0.16 0.00
125_L 272_S 1.27 0.16 0.00
167_A 227_S 1.26 0.15 0.00
80_A 108_F 1.26 0.15 0.00
174_I 349_P 1.26 0.15 0.00
231_G 355_Q 1.24 0.15 0.00
200_V 25_K 1.24 0.15 0.00
121_M 181_S 1.23 0.14 0.00
89_Y 124_L 1.22 0.14 0.00
66_N 285_S 1.21 0.14 0.00
135_Y 395_D 1.21 0.14 0.00
201_L 364_A 1.21 0.14 0.00
59_I 188_D 1.20 0.14 0.00
132_A 101_G 1.19 0.13 0.00
197_V 97_N 1.18 0.13 0.00
78_A 365_G 1.17 0.13 0.00
103_L 33_R 1.17 0.13 0.00
184_L 189_P 1.17 0.13 0.00
197_V 199_R 1.16 0.13 0.00
43_I 397_T 1.16 0.13 0.00
178_V 250_D 1.16 0.13 0.00
163_V 116_Y 1.16 0.13 0.00
230_V 376_S 1.16 0.13 0.00
178_V 95_L 1.16 0.12 0.00
123_R 208_F 1.15 0.12 0.00
240_F 325_F 1.15 0.12 0.00
67_L 214_F 1.14 0.12 0.00
196_I 367_F 1.14 0.12 0.00
173_Y 165_Q 1.14 0.12 0.00
153_V 300_S 1.14 0.12 0.00
243_S 376_S 1.14 0.12 0.00
112_R 309_G 1.14 0.12 0.00
199_A 300_S 1.13 0.12 0.00
47_P 239_F 1.13 0.12 0.00
169_K 108_F 1.13 0.12 0.00
198_F 390_T 1.13 0.12 0.00
78_A 91_S 1.13 0.12 0.00
186_R 312_R 1.13 0.12 0.00
86_R 389_M 1.13 0.12 0.00
171_W 399_S 1.12 0.12 0.00
204_G 88_P 1.12 0.12 0.00
84_I 357_I 1.12 0.12 0.00
83_T 320_G 1.12 0.12 0.00
72_T 325_F 1.11 0.12 0.00
122_K 255_P 1.11 0.12 0.00
74_F 252_L 1.11 0.12 0.00
89_Y 382_V 1.11 0.12 0.00
130_M 77_S 1.11 0.12 0.00
242_Q 287_S 1.10 0.11 0.00
145_V 377_E 1.10 0.11 0.00
130_M 335_F 1.10 0.11 0.00
170_D 342_Q 1.10 0.11 0.00
206_D 111_E 1.09 0.11 0.00
56_V 274_V 1.09 0.11 0.00
140_D 303_V 1.09 0.11 0.00
123_R 64_A 1.09 0.11 0.00
109_D 284_G 1.09 0.11 0.00
102_M 131_A 1.09 0.11 0.00
108_Q 208_F 1.08 0.11 0.00
93_V 202_T 1.08 0.11 0.00
71_K 346_K 1.08 0.11 0.00
74_F 251_N 1.07 0.11 0.00
158_Y 252_L 1.07 0.11 0.00
226_E 114_I 1.07 0.11 0.00
235_L 325_F 1.06 0.11 0.00
237_D 352_G 1.06 0.11 0.00
72_T 372_T 1.06 0.11 0.00
43_I 373_I 1.06 0.11 0.00
174_I 363_N 1.06 0.10 0.00
147_I 236_K 1.06 0.10 0.00
220_A 151_T 1.06 0.10 0.00
149_V 249_N 1.05 0.10 0.00
41_M 141_N 1.05 0.10 0.00
132_A 106_G 1.05 0.10 0.00
136_K 16_L 1.05 0.10 0.00
245_F 398_F 1.05 0.10 0.00
99_I 364_A 1.05 0.10 0.00
153_V 98_E 1.05 0.10 0.00
86_R 141_N 1.05 0.10 0.00
45_A 121_A 1.04 0.10 0.00
130_M 37_V 1.04 0.10 0.00
78_A 92_V 1.04 0.10 0.00
145_V 256_E 1.04 0.10 0.00
44_S 277_F 1.04 0.10 0.00
197_V 342_Q 1.03 0.10 0.00
74_F 143_D 1.03 0.10 0.00
118_M 153_D 1.03 0.10 0.00
165_Q 259_P 1.03 0.10 0.00
112_R 299_I 1.03 0.10 0.00
223_K 290_H 1.03 0.10 0.00
50_A 179_Y 1.02 0.10 0.00
191_A 348_K 1.02 0.10 0.00
94_D 34_V 1.02 0.10 0.00
217_P 197_V 1.02 0.10 0.00
190_L 144_R 1.02 0.10 0.00
43_I 142_L 1.02 0.10 0.00
41_M 359_S 1.02 0.10 0.00
200_V 280_A 1.01 0.10 0.00
67_L 113_G 1.01 0.10 0.00
182_K 345_S 1.01 0.10 0.00
130_M 309_G 1.01 0.10 0.00
153_V 53_P 1.01 0.10 0.00
85_L 313_L 1.01 0.10 0.00
229_P 325_F 1.01 0.10 0.00
210_A 399_S 1.01 0.10 0.00
216_T 144_R 1.01 0.10 0.00
54_K 252_L 1.01 0.10 0.00
135_Y 27_L 1.01 0.10 0.00
37_W 337_V 1.00 0.09 0.00
102_M 142_L 1.00 0.09 0.00
45_A 281_V 1.00 0.09 0.00
109_D 373_I 1.00 0.09 0.00
192_G 271_L 1.00 0.09 0.00
63_R 119_Y 0.99 0.09 0.00
158_Y 251_N 0.99 0.09 0.00
74_F 327_L 0.99 0.09 0.00
164_M 239_F 0.99 0.09 0.00
188_D 53_P 0.99 0.09 0.00
121_M 243_L 0.99 0.09 0.00
208_A 156_G 0.98 0.09 0.00
155_I 245_R 0.98 0.09 0.00
212_L 290_H 0.98 0.09 0.00
147_I 267_I 0.98 0.09 0.00
118_M 213_K 0.98 0.09 0.00
188_D 380_T 0.98 0.09 0.00
54_K 315_D 0.98 0.09 0.00
86_R 55_D 0.98 0.09 0.00
163_V 151_T 0.98 0.09 0.00
188_D 305_Q 0.98 0.09 0.00
62_R 329_E 0.97 0.09 0.00
191_A 198_S 0.97 0.09 0.00
118_M 119_Y 0.97 0.09 0.00
63_R 373_I 0.97 0.09 0.00
151_V 385_L 0.97 0.09 0.00
170_D 312_R 0.97 0.09 0.00
49_G 354_W 0.97 0.09 0.00
175_G 395_D 0.97 0.09 0.00
195_G 24_Q 0.96 0.09 0.00
132_A 109_S 0.96 0.09 0.00
118_M 402_F 0.96 0.09 0.00
240_F 362_A 0.96 0.09 0.00
179_L 183_G 0.96 0.09 0.00
179_L 212_Y 0.96 0.09 0.00
128_I 359_S 0.96 0.09 0.00
114_Q 287_S 0.96 0.09 0.00
197_V 117_A 0.96 0.09 0.00
158_Y 258_L 0.95 0.09 0.00
220_A 362_A 0.95 0.09 0.00
47_P 393_A 0.95 0.09 0.00
90_W 194_E 0.95 0.09 0.00
179_L 130_L 0.95 0.09 0.00
179_L 240_G 0.95 0.09 0.00
41_M 400_L 0.95 0.09 0.00
82_A 255_P 0.95 0.09 0.00
179_L 126_L 0.95 0.09 0.00
66_N 33_R 0.95 0.09 0.00
220_A 254_V 0.95 0.09 0.00
157_G 158_Y 0.95 0.09 0.00
232_D 361_D 0.95 0.09 0.00
145_V 185_S 0.95 0.09 0.00
78_A 264_V 0.95 0.09 0.00
36_S 72_A 0.95 0.09 0.00
210_A 250_D 0.95 0.09 0.00
174_I 207_N 0.95 0.09 0.00
167_A 50_A 0.94 0.08 0.00
184_L 169_N 0.94 0.08 0.00
245_F 121_A 0.94 0.08 0.00
155_I 305_Q 0.94 0.08 0.00
132_A 95_L 0.94 0.08 0.00
36_S 180_Q 0.94 0.08 0.00
179_L 136_F 0.94 0.08 0.00
47_P 140_I 0.94 0.08 0.00
152_L 103_F 0.94 0.08 0.00
243_S 96_Y 0.94 0.08 0.00
220_A 127_N 0.94 0.08 0.00
43_I 389_M 0.94 0.08 0.00
104_V 162_N 0.94 0.08 0.00
179_L 233_P 0.94 0.08 0.00
57_E 236_K 0.94 0.08 0.00
130_M 237_E 0.93 0.08 0.00
216_T 391_D 0.93 0.08 0.00
178_V 375_A 0.93 0.08 0.00
66_N 147_A 0.93 0.08 0.00
68_V 348_K 0.93 0.08 0.00
184_L 282_L 0.93 0.08 0.00
246_F 120_D 0.93 0.08 0.00
150_V 149_N 0.92 0.08 0.00
192_G 108_F 0.92 0.08 0.00
80_A 234_T 0.92 0.08 0.00
209_N 309_G 0.92 0.08 0.00
218_L 330_R 0.92 0.08 0.00
237_D 75_G 0.92 0.08 0.00
41_M 107_K 0.92 0.08 0.00
229_P 280_A 0.92 0.08 0.00
101_G 239_F 0.92 0.08 0.00
48_G 166_F 0.92 0.08 0.00
164_M 274_V 0.92 0.08 0.00
157_G 232_A 0.92 0.08 0.00
45_A 109_S 0.92 0.08 0.00
150_V 345_S 0.92 0.08 0.00
149_V 193_S 0.92 0.08 0.00
52_I 294_D 0.92 0.08 0.00
164_M 280_A 0.92 0.08 0.00
153_V 214_F 0.91 0.08 0.00
107_D 257_S 0.91 0.08 0.00
126_E 295_S 0.91 0.08 0.00
39_G 351_G 0.91 0.08 0.00
58_S 270_G 0.91 0.08 0.00
239_G 296_F 0.91 0.08 0.00
184_L 134_S 0.91 0.08 0.00
122_K 367_F 0.91 0.08 0.00
195_G 386_A 0.91 0.08 0.00
99_I 282_L 0.91 0.08 0.00
93_V 162_N 0.91 0.08 0.00
197_V 39_D 0.91 0.08 0.00
191_A 206_V 0.91 0.08 0.00
167_A 300_S 0.91 0.08 0.00
125_L 105_N 0.91 0.08 0.00
237_D 339_D 0.91 0.08 0.00
101_G 382_V 0.91 0.08 0.00
158_Y 174_Y 0.91 0.08 0.00
224_M 317_F 0.91 0.08 0.00
147_I 230_V 0.90 0.08 0.00
188_D 309_G 0.90 0.08 0.00
99_I 380_T 0.90 0.08 0.00
122_K 238_P 0.90 0.08 0.00
99_I 391_D 0.90 0.08 0.00
85_L 289_T 0.90 0.08 0.00
194_N 181_S 0.90 0.08 0.00
46_M 367_F 0.90 0.08 0.00
132_A 121_A 0.90 0.08 0.00
122_K 368_N 0.90 0.08 0.00
61_E 275_K 0.90 0.08 0.00
127_S 110_F 0.89 0.08 0.00
243_S 98_E 0.89 0.08 0.00
215_P 281_V 0.89 0.08 0.00
206_D 337_V 0.89 0.08 0.00
139_P 323_V 0.89 0.08 0.00
213_D 215_L 0.89 0.08 0.00
174_I 117_A 0.89 0.08 0.00
201_L 365_G 0.89 0.08 0.00
151_V 330_R 0.89 0.08 0.00
149_V 90_Q 0.89 0.07 0.00
92_D 98_E 0.89 0.07 0.00
239_G 183_G 0.89 0.07 0.00
239_G 212_Y 0.89 0.07 0.00
188_D 207_N 0.89 0.07 0.00
55_K 376_S 0.88 0.07 0.00
93_V 53_P 0.88 0.07 0.00
178_V 380_T 0.88 0.07 0.00
37_W 192_T 0.88 0.07 0.00
101_G 179_Y 0.88 0.07 0.00
124_Y 254_V 0.88 0.07 0.00
219_T 145_I 0.88 0.07 0.00
197_V 396_F 0.88 0.07 0.00
239_G 130_L 0.88 0.07 0.00
239_G 240_G 0.88 0.07 0.00
147_I 110_F 0.88 0.07 0.00
200_V 21_E 0.88 0.07 0.00
69_E 323_V 0.88 0.07 0.00
239_G 126_L 0.88 0.07 0.00
38_A 338_S 0.88 0.07 0.00
199_A 258_L 0.88 0.07 0.00
190_L 330_R 0.88 0.07 0.00
59_I 308_G 0.87 0.07 0.00
246_F 89_A 0.87 0.07 0.00
80_A 186_G 0.87 0.07 0.00
43_I 393_A 0.87 0.07 0.00
138_G 161_D 0.87 0.07 0.00
151_V 179_Y 0.87 0.07 0.00
102_M 133_D 0.87 0.07 0.00
135_Y 39_D 0.87 0.07 0.00
139_P 256_E 0.87 0.07 0.00
236_M 188_D 0.87 0.07 0.00
101_G 280_A 0.87 0.07 0.00
87_Q 121_A 0.87 0.07 0.00
178_V 401_K 0.87 0.07 0.00
239_G 136_F 0.87 0.07 0.00
126_E 290_H 0.87 0.07 0.00
220_A 336_S 0.87 0.07 0.00
188_D 75_G 0.86 0.07 0.00
56_V 218_S 0.86 0.07 0.00
239_G 233_P 0.86 0.07 0.00
214_P 395_D 0.86 0.07 0.00
146_K 71_G 0.86 0.07 0.00
167_A 389_M 0.86 0.07 0.00
207_K 359_S 0.86 0.07 0.00
97_H 80_Q 0.86 0.07 0.00
186_R 365_G 0.86 0.07 0.00
217_P 143_D 0.86 0.07 0.00
121_M 119_Y 0.86 0.07 0.00
44_S 349_P 0.86 0.07 0.00
194_N 252_L 0.86 0.07 0.00
83_T 140_I 0.86 0.07 0.00
66_N 319_F 0.86 0.07 0.00
145_V 391_D 0.86 0.07 0.00
51_V 141_N 0.86 0.07 0.00
173_Y 239_F 0.86 0.07 0.00
84_I 344_K 0.86 0.07 0.00
167_A 329_E 0.86 0.07 0.00
92_D 337_V 0.86 0.07 0.00
106_A 95_L 0.86 0.07 0.00
151_V 321_V 0.86 0.07 0.00
172_V 108_F 0.85 0.07 0.00
156_R 27_L 0.85 0.07 0.00
138_G 110_F 0.85 0.07 0.00
237_D 203_I 0.85 0.07 0.00
238_F 103_F 0.85 0.07 0.00
229_P 165_Q 0.85 0.07 0.00
156_R 127_N 0.85 0.07 0.00
48_G 236_K 0.85 0.07 0.00
85_L 119_Y 0.85 0.07 0.00
121_M 281_V 0.85 0.07 0.00
191_A 346_K 0.85 0.07 0.00
150_V 47_K 0.85 0.07 0.00
63_R 177_S 0.85 0.07 0.00
174_I 177_S 0.85 0.07 0.00
54_K 236_K 0.85 0.07 0.00
245_F 371_M 0.85 0.07 0.00
167_A 348_K 0.85 0.07 0.00
164_M 90_Q 0.85 0.07 0.00
103_L 181_S 0.85 0.07 0.00
149_V 146_K 0.85 0.07 0.00
133_R 124_L 0.85 0.07 0.00
107_D 116_Y 0.85 0.07 0.00
188_D 348_K 0.85 0.07 0.00
99_I 184_A 0.85 0.07 0.00
181_N 95_L 0.85 0.07 0.00
225_N 182_G 0.85 0.07 0.00
244_D 16_L 0.85 0.07 0.00
192_G 214_F 0.85 0.07 0.00
48_G 253_Y 0.84 0.07 0.00
179_L 163_R 0.84 0.07 0.00
82_A 329_E 0.84 0.07 0.00
200_V 244_V 0.84 0.07 0.00
67_L 301_S 0.84 0.07 0.00
195_G 281_V 0.84 0.07 0.00
242_Q 146_K 0.84 0.07 0.00
237_D 389_M 0.84 0.07 0.00
102_M 130_L 0.84 0.07 0.00
102_M 240_G 0.84 0.07 0.00
183_R 16_L 0.84 0.07 0.00
128_I 284_G 0.84 0.07 0.00
93_V 117_A 0.84 0.07 0.00
102_M 126_L 0.84 0.07 0.00
192_G 107_K 0.84 0.07 0.00
59_I 37_V 0.84 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
7933 0.49 D F actually jackammer last was hhblits Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared
7932 0.12 D F jackammer Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared

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