GREMLIN.BAKERLAB.org
Powered by OPENSEQ.org
D F actually jackammer last was hhblits

Genes: A B A+B
Length: 246 406 629
Sequences: 302 546 308
Seq/Len: 1.23 1.34 0.49
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.96
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.12
2 0.00 0.00 0.43
5 0.00 0.00 0.47
10 0.00 0.00 0.47
20 0.00 0.00 0.47
100 0.00 0.00 0.47
0.01 0.04 0.47
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
185_S 166_F 1.68 0.69 0.00
147_I 295_S 1.66 0.67 0.00
174_I 44_P 1.65 0.67 0.00
61_E 329_E 1.54 0.59 0.00
188_D 203_I 1.50 0.55 0.00
86_R 282_L 1.44 0.51 0.00
72_T 382_V 1.33 0.42 0.00
26_L 271_L 1.32 0.42 0.00
186_R 365_G 1.31 0.41 0.00
137_I 311_V 1.31 0.41 0.00
164_M 280_A 1.29 0.40 0.00
88_A 177_S 1.28 0.39 0.00
191_A 208_F 1.27 0.39 0.00
53_F 203_I 1.25 0.37 0.00
55_K 290_H 1.25 0.37 0.00
171_W 118_R 1.24 0.36 0.00
104_V 162_N 1.22 0.35 0.00
137_I 149_N 1.21 0.34 0.00
64_F 158_Y 1.21 0.34 0.00
88_A 147_A 1.20 0.33 0.00
221_K 284_G 1.20 0.33 0.00
118_M 386_A 1.20 0.33 0.00
135_Y 239_F 1.19 0.33 0.00
28_L 236_K 1.19 0.33 0.00
26_L 60_G 1.18 0.32 0.00
89_Y 157_R 1.18 0.32 0.00
28_L 160_L 1.18 0.32 0.00
149_V 402_F 1.16 0.31 0.00
221_K 12_E 1.16 0.31 0.00
118_M 114_I 1.16 0.31 0.00
118_M 242_K 1.15 0.30 0.00
102_M 288_Y 1.15 0.30 0.00
186_R 239_F 1.14 0.29 0.00
53_F 201_P 1.14 0.29 0.00
109_D 225_V 1.13 0.28 0.00
123_R 208_F 1.12 0.28 0.00
197_V 321_V 1.12 0.28 0.00
111_V 103_F 1.12 0.28 0.00
86_R 109_S 1.12 0.28 0.00
74_F 347_L 1.12 0.28 0.00
128_I 162_N 1.11 0.28 0.00
170_D 271_L 1.11 0.28 0.00
99_I 336_S 1.11 0.27 0.00
164_M 232_A 1.11 0.27 0.00
98_V 280_A 1.10 0.27 0.00
55_K 208_F 1.10 0.27 0.00
199_A 124_L 1.10 0.27 0.00
170_D 293_E 1.10 0.27 0.00
88_A 175_R 1.10 0.27 0.00
181_N 129_F 1.10 0.27 0.00
71_K 199_R 1.10 0.27 0.00
74_F 131_A 1.10 0.27 0.00
66_N 365_G 1.09 0.27 0.00
193_W 360_S 1.09 0.26 0.00
163_V 151_T 1.09 0.26 0.00
98_V 116_Y 1.08 0.26 0.00
124_Y 280_A 1.08 0.26 0.00
78_A 91_S 1.08 0.26 0.00
118_M 102_F 1.08 0.26 0.00
115_G 138_G 1.08 0.26 0.00
184_L 282_L 1.08 0.26 0.00
175_G 395_D 1.08 0.26 0.00
124_Y 180_Q 1.08 0.26 0.00
165_Q 159_N 1.07 0.25 0.00
93_V 285_S 1.07 0.25 0.00
152_L 128_G 1.07 0.25 0.00
28_L 73_T 1.07 0.25 0.00
195_G 386_A 1.07 0.25 0.00
126_E 259_P 1.07 0.25 0.00
118_M 229_R 1.06 0.25 0.00
38_A 400_L 1.06 0.24 0.00
55_K 312_R 1.05 0.24 0.00
138_G 365_G 1.05 0.24 0.00
83_T 294_D 1.05 0.24 0.00
30_L 164_W 1.05 0.24 0.00
26_L 68_G 1.05 0.24 0.00
193_W 126_L 1.05 0.24 0.00
179_L 265_W 1.04 0.24 0.00
102_M 157_R 1.04 0.23 0.00
124_Y 326_A 1.04 0.23 0.00
87_Q 158_Y 1.04 0.23 0.00
153_V 313_L 1.04 0.23 0.00
173_Y 165_Q 1.04 0.23 0.00
99_I 364_A 1.04 0.23 0.00
154_E 266_S 1.03 0.23 0.00
38_A 284_G 1.03 0.23 0.00
136_K 393_A 1.03 0.23 0.00
163_V 128_G 1.03 0.23 0.00
29_L 77_S 1.03 0.23 0.00
38_A 359_S 1.03 0.23 0.00
142_L 129_F 1.02 0.23 0.00
99_I 272_S 1.02 0.23 0.00
200_V 376_S 1.02 0.22 0.00
66_N 210_I 1.02 0.22 0.00
29_L 62_T 1.01 0.22 0.00
199_A 386_A 1.01 0.22 0.00
71_K 168_V 1.01 0.22 0.00
187_D 60_G 1.01 0.22 0.00
93_V 305_Q 1.01 0.22 0.00
197_V 396_F 1.01 0.22 0.00
71_K 156_G 1.01 0.22 0.00
182_K 145_I 1.00 0.21 0.00
200_V 220_T 1.00 0.21 0.00
78_A 337_V 1.00 0.21 0.00
80_A 378_N 1.00 0.21 0.00
72_T 264_V 1.00 0.21 0.00
135_Y 274_V 1.00 0.21 0.00
49_G 360_S 0.99 0.21 0.00
80_A 294_D 0.99 0.21 0.00
174_I 11_Q 0.99 0.21 0.00
181_N 275_K 0.99 0.21 0.00
26_L 267_I 0.98 0.20 0.00
81_L 77_S 0.98 0.20 0.00
175_G 165_Q 0.98 0.20 0.00
118_M 303_V 0.98 0.20 0.00
26_L 114_I 0.98 0.20 0.00
175_G 245_R 0.97 0.20 0.00
74_F 162_N 0.97 0.20 0.00
80_A 380_T 0.97 0.20 0.00
149_V 203_I 0.97 0.20 0.00
228_R 173_V 0.97 0.20 0.00
115_G 370_G 0.97 0.20 0.00
24_A 315_D 0.97 0.20 0.00
118_M 400_L 0.96 0.20 0.00
187_D 55_D 0.96 0.20 0.00
47_P 27_L 0.96 0.19 0.00
106_A 107_K 0.96 0.19 0.00
28_L 57_K 0.96 0.19 0.00
125_L 101_G 0.96 0.19 0.00
181_N 324_A 0.96 0.19 0.00
244_D 123_Q 0.96 0.19 0.00
220_A 280_A 0.96 0.19 0.00
69_E 267_I 0.96 0.19 0.00
169_K 351_G 0.96 0.19 0.00
113_T 377_E 0.96 0.19 0.00
128_I 193_S 0.95 0.19 0.00
30_L 208_F 0.95 0.19 0.00
102_M 212_Y 0.95 0.19 0.00
220_A 145_I 0.95 0.19 0.00
135_Y 335_F 0.95 0.19 0.00
197_V 95_L 0.95 0.19 0.00
111_V 276_T 0.95 0.19 0.00
136_K 9_L 0.95 0.19 0.00
202_G 252_L 0.95 0.19 0.00
135_Y 27_L 0.95 0.19 0.00
110_L 352_G 0.95 0.19 0.00
184_L 37_V 0.95 0.19 0.00
123_R 284_G 0.95 0.19 0.00
59_I 153_D 0.95 0.19 0.00
135_Y 389_M 0.94 0.19 0.00
74_F 143_D 0.94 0.19 0.00
195_G 400_L 0.94 0.19 0.00
74_F 91_S 0.94 0.18 0.00
52_I 206_V 0.94 0.18 0.00
103_L 324_A 0.94 0.18 0.00
139_P 269_P 0.94 0.18 0.00
127_S 250_D 0.94 0.18 0.00
103_L 317_F 0.94 0.18 0.00
93_V 342_Q 0.94 0.18 0.00
202_G 251_N 0.94 0.18 0.00
58_S 214_F 0.93 0.18 0.00
54_K 289_T 0.93 0.18 0.00
66_N 277_F 0.93 0.18 0.00
78_A 326_A 0.93 0.18 0.00
151_V 158_Y 0.93 0.18 0.00
188_D 230_V 0.93 0.18 0.00
64_F 339_D 0.93 0.18 0.00
67_L 195_E 0.93 0.18 0.00
174_I 198_S 0.92 0.18 0.00
28_L 62_T 0.92 0.18 0.00
165_Q 102_F 0.92 0.18 0.00
32_L 57_K 0.92 0.18 0.00
163_V 148_D 0.92 0.18 0.00
149_V 200_D 0.92 0.18 0.00
124_Y 275_K 0.92 0.18 0.00
40_Q 237_E 0.92 0.18 0.00
98_V 212_Y 0.92 0.17 0.00
203_E 270_G 0.92 0.17 0.00
78_A 264_V 0.92 0.17 0.00
83_T 128_G 0.91 0.17 0.00
151_V 321_V 0.91 0.17 0.00
50_A 212_Y 0.91 0.17 0.00
39_G 117_A 0.91 0.17 0.00
74_F 33_R 0.91 0.17 0.00
242_Q 287_S 0.91 0.17 0.00
49_G 308_G 0.91 0.17 0.00
93_V 401_K 0.91 0.17 0.00
109_D 58_Q 0.91 0.17 0.00
245_F 106_G 0.91 0.17 0.00
200_V 25_K 0.91 0.17 0.00
201_L 94_N 0.90 0.17 0.00
125_L 270_G 0.90 0.17 0.00
201_L 269_P 0.90 0.17 0.00
31_L 367_F 0.90 0.17 0.00
126_E 329_E 0.90 0.17 0.00
182_K 325_F 0.90 0.17 0.00
30_L 71_G 0.90 0.17 0.00
84_I 147_A 0.90 0.17 0.00
47_P 270_G 0.90 0.17 0.00
200_V 228_V 0.90 0.16 0.00
245_F 281_V 0.89 0.16 0.00
125_L 207_N 0.89 0.16 0.00
35_P 68_G 0.89 0.16 0.00
212_L 336_S 0.89 0.16 0.00
101_G 215_L 0.89 0.16 0.00
41_M 293_E 0.89 0.16 0.00
174_I 208_F 0.89 0.16 0.00
145_V 80_Q 0.89 0.16 0.00
26_L 286_V 0.89 0.16 0.00
97_H 369_V 0.89 0.16 0.00
89_Y 175_R 0.89 0.16 0.00
68_V 323_V 0.89 0.16 0.00
88_A 339_D 0.89 0.16 0.00
130_M 350_D 0.88 0.16 0.00
175_G 106_G 0.88 0.16 0.00
99_I 165_Q 0.88 0.16 0.00
63_R 81_S 0.88 0.16 0.00
89_Y 138_G 0.88 0.16 0.00
198_F 167_D 0.88 0.16 0.00
142_L 309_G 0.88 0.16 0.00
56_V 311_V 0.87 0.15 0.00
40_Q 110_F 0.87 0.15 0.00
126_E 188_D 0.87 0.15 0.00
199_A 258_L 0.87 0.15 0.00
203_E 95_L 0.87 0.15 0.00
169_K 76_S 0.87 0.15 0.00
184_L 10_K 0.87 0.15 0.00
105_N 281_V 0.87 0.15 0.00
62_R 329_E 0.87 0.15 0.00
25_T 71_G 0.87 0.15 0.00
88_A 207_N 0.87 0.15 0.00
153_V 326_A 0.87 0.15 0.00
111_V 272_S 0.87 0.15 0.00
121_M 212_Y 0.87 0.15 0.00
108_Q 228_V 0.87 0.15 0.00
245_F 121_A 0.87 0.15 0.00
156_R 184_A 0.87 0.15 0.00
27_C 67_S 0.87 0.15 0.00
240_F 213_K 0.87 0.15 0.00
174_I 337_V 0.87 0.15 0.00
38_A 345_S 0.87 0.15 0.00
88_A 103_F 0.87 0.15 0.00
109_D 267_I 0.87 0.15 0.00
72_T 116_Y 0.87 0.15 0.00
155_I 364_A 0.86 0.15 0.00
67_L 362_A 0.86 0.15 0.00
158_Y 33_R 0.86 0.15 0.00
55_K 246_S 0.86 0.15 0.00
135_Y 382_V 0.86 0.15 0.00
186_R 274_V 0.86 0.15 0.00
125_L 215_L 0.86 0.15 0.00
132_A 229_R 0.86 0.15 0.00
118_M 124_L 0.86 0.15 0.00
187_D 63_V 0.86 0.15 0.00
28_L 323_V 0.86 0.15 0.00
52_I 270_G 0.85 0.15 0.00
102_M 315_D 0.85 0.15 0.00
154_E 315_D 0.85 0.15 0.00
36_S 236_K 0.85 0.15 0.00
49_G 341_I 0.85 0.15 0.00
32_L 69_T 0.85 0.15 0.00
115_G 157_R 0.85 0.15 0.00
68_V 330_R 0.85 0.15 0.00
74_F 341_I 0.85 0.14 0.00
26_L 69_T 0.85 0.14 0.00
181_N 136_F 0.85 0.14 0.00
127_S 193_S 0.85 0.14 0.00
118_M 118_R 0.85 0.14 0.00
174_I 293_E 0.85 0.14 0.00
127_S 46_P 0.85 0.14 0.00
211_L 320_G 0.85 0.14 0.00
88_A 130_L 0.85 0.14 0.00
39_G 86_S 0.84 0.14 0.00
187_D 178_T 0.84 0.14 0.00
198_F 174_Y 0.84 0.14 0.00
90_W 189_P 0.84 0.14 0.00
107_D 357_I 0.84 0.14 0.00
80_A 54_A 0.84 0.14 0.00
121_M 222_P 0.84 0.14 0.00
216_T 337_V 0.84 0.14 0.00
184_L 152_L 0.84 0.14 0.00
103_L 206_V 0.84 0.14 0.00
199_A 252_L 0.84 0.14 0.00
217_P 143_D 0.84 0.14 0.00
52_I 178_T 0.84 0.14 0.00
187_D 58_Q 0.84 0.14 0.00
118_M 156_G 0.84 0.14 0.00
243_S 247_T 0.84 0.14 0.00
89_Y 212_Y 0.84 0.14 0.00
83_T 327_L 0.84 0.14 0.00
121_M 382_V 0.83 0.14 0.00
111_V 223_D 0.83 0.14 0.00
198_F 177_S 0.83 0.14 0.00
99_I 103_F 0.83 0.14 0.00
111_V 240_G 0.83 0.14 0.00
111_V 123_Q 0.83 0.14 0.00
187_D 335_F 0.83 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
7933 0.49 D F actually jackammer last was hhblits Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared
7932 0.12 D F jackammer Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared

Page generated in 0.0657 seconds.